Science computationnelle petsc

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Existe-t-il un solveur de programmation non linéaire de haute qualité pour Python?

J'ai plusieurs problèmes d'optimisation globale non convexe difficiles à résoudre. Actuellement, j'utilise la boîte à outils Optimization de MATLAB (en particulier, fmincon()avec algorithm = 'sqp'), ce qui est assez efficace . Cependant, la majeure partie de mon code est en Python et j'aimerais également en faire l'optimisation. Existe-t-il un solutionneur …

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Pourquoi mon solveur linéaire itératif ne converge-t-il pas?

Qu'est-ce qui peut mal tourner lors de l'utilisation de méthodes Krylov précondonifiées du KSP ( package de solveur linéaire de PETSc ) pour résoudre un système linéaire clairsemé tel que ceux obtenus en discrétisant et en linéarisant des équations différentielles partielles? Quelles mesures puis-je prendre pour déterminer ce qui ne …

26 linear-algebra petsc preconditioning krylov-method iterative-method

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Quelles sont les principales différences entre PETSc et Trilinos?

Pour autant que je sache, les deux grands cadres génériques des logiciels de science informatique du Département américain de l'énergie sont PETSc et Trilinos . Ils semblent similaires à première vue, au-delà des différences de langage (C versus C ++). Quelles sont les principales différences entre les deux cadres et …

24 petsc software trilinos

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Pourquoi la méthode de Newton ne converge-t-elle pas?

J'utilise le package de résolution non linéaire SNES de PETSc pour résoudre un système d'équations non linéaires obtenues en discrétisant une équation différentielle partielle. Comment puis-je déterminer pourquoi le solveur ne converge pas et que puis-je faire pour résoudre avec succès mes équations?

22 petsc pde implicit-methods

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Distance euclidienne en octave

Je voudrais savoir s'il existe un moyen rapide de calculer la distance euclidienne de deux vecteurs en octave. Il semble qu'il n'y ait pas de fonction spéciale pour cela, alors devrais-je simplement utiliser la formule avec sqrt?

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Quelles bibliothèques ont un bon support de haut niveau pour les multigrilles?

Je prévois d'utiliser le multigrille pour calculer certaines valeurs et vecteurs propres, et j'ai remarqué que PETSc a un support de haut niveau pour le multigrille. La documentation PETSc indique que cette partie de PETSc ne doit pas être utilisée, car elle sera bientôt remplacée. Quelles autres bibliothèques prennent en …

17 petsc libraries multigrid

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Comment puis-je estimer le nombre de conditions d'une grande matrice clairsemée en utilisant PETSc?

J'ai un PETSc Matet je voudrais estimer son numéro d'état.

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Quelle est l'utilité du PETSc pour les matrices denses?

Partout où j'ai vu, le didacticiel PETSc / documents, etc., dit qu'il est utile pour l'algèbre linéaire et spécifie généralement que les systèmes clairsemés en bénéficieront. Et les matrices denses? Je veux résoudreA x = bUNEX=bAx=b pour dense UNEUNEA. J'ai écrit mon propre code pour CG et QMR à Fortran. …

14 linear-algebra petsc blas

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Pourquoi mon solveur parallèle est-il plus lent que mon solveur séquentiel?

Je jouais avec PETSc et j'ai remarqué que lorsque j'exécute mon programme avec plus d'un processus via MPI, il semble fonctionner encore plus lentement ! Comment puis-je vérifier ce qui se passe?

14 linear-algebra petsc

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Avez-vous des recommandations pour les frameworks de tests unitaires compatibles avec le code / les bibliothèques qui utilisent MPI?

Habituellement, j'écris du code série, et quand je le fais, j'écris des tests unitaires avec un cadre de test de style xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, ou le cadre de test C ++ de Google). Sur la base d'une recherche rapide sur Google, je n'ai pas beaucoup vu comment …

13 parallel-computing petsc mpi testing reproducibility

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Calcul de la structure clairsemée pour les matrices d'éléments finis

Question: Quelles méthodes sont disponibles pour calculer avec précision et efficacité la structure de rareté d'une matrice d'éléments finis? Info: Je travaille sur un solveur d'équation de pression de Poisson, en utilisant la méthode de Galerkin avec une base de Lagrange quadratique, écrite en C, et en utilisant PETSc pour …

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Quels préconditionneurs (et solveurs) en PETSc pour les systèmes symétriques indéfinis dois-je utiliser?

Mon système est un problème FE symétrique avec des multiplicateurs de lagrange (par exemple le flux de Stokes incompressible): ( ABBTC)(ABTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} où est le cas typique (je me suis même assuré que les équations sont numérotées pour que les multiplicateurs de Lagrange apparaissent en …

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Solveur linéaire clairsemé pour de nombreux côtés droit

Je dois résoudre le même système linéaire clairsemé (300x300 à 1000x1000) avec de nombreux côtés droits (300 à 1000). En plus de ce premier problème, je voudrais également résoudre différents systèmes, mais avec les mêmes éléments non nuls (juste des valeurs différentes), c'est-à-dire de nombreux systèmes clairsemés avec un motif …

12 linear-algebra petsc linear-solver sparse-matrix

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Efficacité de l'utilisation de petsc4py vs c / c ++ / fortran

Combien est plus lent petsc4py vs c / c ++ / fortran? Je me rends compte que cela dépendra considérablement du code exécuté, mais qu'en est-il de quelque chose de simple comme un produit matriciel-vecteur?

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Comment travailler avec des pointeurs de fonction dans Fortran dans les programmes scientifiques

Voici une utilisation typique des pointeurs de fonction en C. Je voudrais faire quelque chose de similaire dans Fortran. J'ai quelques idées, mais j'aimerais savoir s'il existe un moyen canonique de le faire. Les pointeurs de fonction et les contextes transmis par l'utilisateur sont stockés, puis appelés ultérieurement. typedef PetscErrorCode …

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