Science computationnelle mpi

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De quelles fonctionnalités les utilisateurs ont-ils besoin d'une interface MPI C ++?

Voulez-vous améliorer ce post? Fournissez des réponses détaillées à cette question, y compris des citations et une explication de la raison pour laquelle votre réponse est correcte. Les réponses sans suffisamment de détails peuvent être modifiées ou supprimées. La version 3.0 de la norme MPI a officiellement supprimé l'interface C …

28 c++ mpi

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Options d'E / S parallèles, en particulier HDF5 parallèle

J'ai une application qui peut être trivialement parallélisée mais ses performances sont dans une large mesure liées aux E / S. L'application lit un tableau d'entrée unique stocké dans un fichier qui est généralement de 2 à 5 Go (mais je m'attends à ce que ce nombre augmente à l'avenir). …

20 io parallel-computing mpi

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Boost :: mpi ou C MPI pour des applications scientifiques hautes performances?

La chose que je n'aime pas le plus à propos de MPI concerne les types de données (c'est-à-dire les cartes / masques de données) car ils ne correspondent pas très bien au C ++ orienté objet. boost::mpine prend en charge que MPI 1.1, cependant, à partir de leur site Web: …

16 hpc c++ mpi

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Comment exécuter MPI-3.0 en mode mémoire partagée comme OpenMP

Je parallélise le code pour résoudre numériquement un modèle d'équilibre de population à 5 dimensions. Actuellement, j'ai un très bon code parallélisé MPICH2 dans FORTRAN mais à mesure que nous augmentons les valeurs des paramètres, les tableaux deviennent trop volumineux pour fonctionner en mode mémoire distribuée. J'ai accès à un …

14 parallel-computing fortran numerics mpi compiling

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Avez-vous des recommandations pour les frameworks de tests unitaires compatibles avec le code / les bibliothèques qui utilisent MPI?

Habituellement, j'écris du code série, et quand je le fais, j'écris des tests unitaires avec un cadre de test de style xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, ou le cadre de test C ++ de Google). Sur la base d'une recherche rapide sur Google, je n'ai pas beaucoup vu comment …

13 parallel-computing petsc mpi testing reproducibility

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Comment le coût de calcul d'une opération mpi_allgather se compare-t-il à une opération de collecte / diffusion?

Je travaille sur un problème qui peut être mis en parallèle en utilisant une seule opération mpi_allgather ou une opération mpi_scatter et une opération mpi_gather. Ces opérations sont appelées dans une boucle while, elles peuvent donc être appelées plusieurs fois. Dans l'implémentation avec un schéma MPI_allgather, je rassemble un vecteur …

11 algorithms complexity mpi

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Façons de visualiser les données d'événements à la recherche de problèmes de performances

J'essaie d'optimiser une application MPI avec un modèle de communication hautement asynchrone. Chaque rang a une liste de choses à calculer et envoie des messages si nécessaire si les entrées ou les sorties résident sur un rang différent. De plus, chaque rang est fileté (actuellement avec un fil de communication …

10 mpi visualization

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Frais généraux de communication en supercalcul

Je suis à la recherche de références crédibles indiquant combien de ressources les superordinateurs dépensent pour la coordination par rapport au travail réel lié aux tâches. Les ressources pourraient être une puissance de traitement disponible, mais même les watts semblent être une unité valide. Je crois qu'un de mes professeurs …

10 hpc mpi

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