Science computationnelle parallel-computing

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Quelle est la maturité du projet de langage informatique «Julia»?

J'envisage d'apprendre un nouveau langage à utiliser pour les projets de modélisation numérique / de simulation, en remplacement (partiel) du C ++ et du Python que j'utilise actuellement. Je suis tombé sur Julia , ce qui semble être parfait. S'il fait tout ce qu'il dit, je pourrais l'utiliser pour remplacer …

55 parallel-computing languages julia

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Quel est l'état de l'art dans les méthodes ODE parallèles?

Je suis actuellement à la recherche de méthodes parallèles d'intégration ODE. Il existe de nombreux ouvrages anciens et anciens décrivant un large éventail d'approches, mais je n'ai trouvé aucun sondage récent ni article récapitulatif décrivant le sujet en général. Il y a le livre de Burrage [1], mais il a …

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Paralléliser une boucle for en Python

Existe-t-il des outils en Python qui ressemblent au parfor de Matlab? J'ai trouvé ce fil , mais il a quatre ans. Je pensais que quelqu'un ici pourrait avoir une expérience plus récente. Voici un exemple du type de chose que je voudrais paralléliser: X = np.random.normal(size=(10, 3)) F = np.zeros((10, …

35 python parallel-computing

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Bibliothèques mathématiques pour OpenCL?

Je recherche des informations auprès de tous ceux qui ont essayé d’utiliser OpenCL dans leur code scientifique. Quelqu'un a-t-il essayé (récemment) ViennaCL ? Si oui, comment se compare-t-il à la cuspide ? Qu'en est-il de OCLTools ? Est-ce qu'il respecte la promesse? Si tel est le cas, serait-il un moyen …

35 parallel-computing libraries programming-paradigms viennacl opencl

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Existe-t-il des problèmes / algorithmes célèbres dans le calcul scientifique qui ne peuvent pas être accélérés par la parallélisation

Cette question a été migrée à partir de Stack Overflow car il est possible d'y répondre sur Computational Science Stack Exchange. Migré il y a 7 ans . Existe-t-il des problèmes / algorithmes célèbres dans le calcul scientifique qui ne peuvent pas être accélérés par la parallélisation? Il me semble …

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Comment résoudre en parallèle le problème gravitationnel des n-corps?

Comment le problème gravitationnel des n-corps peut-il être résolu numériquement en parallèle? Un compromis précision-complexité est-il possible? Comment la précision influence-t-elle la qualité du modèle?

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Quel logiciel est bon à utiliser pour le débogage parallèle?

Je n'exécute aucun code parallèle pour le moment, mais je prévois d'exécuter du code parallèle à l'avenir en utilisant un hybride d'OpenMP et de MPI. Les débogueurs ont été des outils précieux pour moi lors de l'exécution de projets en série. Quelqu'un peut-il recommander un débogueur parallèle (ou plusieurs débogueurs) …

24 software parallel-computing

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Options d'E / S parallèles, en particulier HDF5 parallèle

J'ai une application qui peut être trivialement parallélisée mais ses performances sont dans une large mesure liées aux E / S. L'application lit un tableau d'entrée unique stocké dans un fichier qui est généralement de 2 à 5 Go (mais je m'attends à ce que ce nombre augmente à l'avenir). …

20 io parallel-computing mpi

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Existe-t-il une bibliothèque à usage général pour le raffinement de maillage adaptatif à grille structurée?

Voulez-vous améliorer ce post? Fournissez des réponses détaillées à cette question, y compris des citations et une explication de la raison pour laquelle votre réponse est correcte. Les réponses sans suffisamment de détails peuvent être modifiées ou supprimées. Le raffinement adaptatif du maillage (AMR) est une technique courante pour traiter …

18 pde libraries parallel-computing adaptive-mesh-refinement

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Diagrammes parallèles de mise à l'échelle / efficacité log-log

Une grande partie de mon propre travail consiste à améliorer la mise à l'échelle des algorithmes, et l'une des façons préférées de montrer la mise à l'échelle parallèle et / ou l'efficacité parallèle est de tracer les performances d'un algorithme / code sur le nombre de cœurs, par exemple où …

17 parallel-computing hpc scaling plotting

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Comment aborder la non-associativité numérique pour la réduction parallèle?

Une réduction parallèle suppose que l'opération correspondante est associative. Cette hypothèse est violée pour l'ajout de nombres à virgule flottante. Vous pourriez vous demander pourquoi je m'en soucie. Eh bien, cela rend les résultats moins reproductibles. Et cela empire lorsque le recuit simulé est utilisé pour optimiser (ou ajuster les …

17 parallel-computing reproducibility

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Existe-t-il un bon solveur CFD open source de haute qualité et facile à utiliser?

Ma thèse porte sur le développement de méthodes numériques pour la réduction des modèles de combustion. J'exécute mes méthodes uniquement sur la partie chimie des simulations de combustion, et j'ai de nombreuses études de cas pour les simulations 0-D (sans débit). Ce que j'aimerais, c'est exécuter des simulations qui contiennent …

17 pde fluid-dynamics software parallel-computing

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Algorithmes d'optimisation parallèle pour un problème avec une fonction objectif très coûteuse

J'optimise une fonction de 10-20 variables. La mauvaise nouvelle est que chaque évaluation de fonction est coûteuse, environ 30 min de calcul en série. La bonne nouvelle est que j'ai un cluster avec quelques dizaines de nœuds de calcul à ma disposition. D'où la question: existe-t-il des algorithmes d'optimisation qui …

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Quels sont les avantages et les inconvénients des algorithmes de décomposition de particules et de parallélisation de décomposition de domaine?

J'exécute des simulations de dynamique moléculaire (MD) en utilisant plusieurs progiciels, comme Gromacs et DL_POLY. Gromacs prend désormais en charge les algorithmes de décomposition des particules et de décomposition de domaine. Par défaut, les simulations Gromacs utilisent la décomposition de domaine, bien que pendant de nombreuses années, jusqu'à récemment, la …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

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Pourquoi mon échelle de multiplication matricielle-vectorielle n'est-elle pas?

Désolé pour le long post, mais je voulais inclure tout ce que je pensais pertinent au premier coup. Ce que je veux J'implémente une version parallèle des méthodes de sous-espace de Krylov pour les matrices denses. Principalement GMRES, QMR et CG. J'ai réalisé (après profilage) que ma routine DGEMV était …

15 parallel-computing matrix lapack blas

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