Science computationnelle software

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Des recommandations pour une bibliothèque de matrices C ++ rapide et utilisable?

Quelqu'un a-t-il des recommandations sur une bibliothèque matricielle C ++ rapide et utilisable? Ce que je veux dire par utilisable est le suivant: Les objets matriciels ont une interface intuitive (ex.: Je peux utiliser des lignes et des colonnes lors de l'indexation) Je peux faire n'importe quoi avec la classe …

158 linear-algebra software implicit-methods

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Quels sont les bons moyens de documenter un logiciel scientifique?

Souvent, quand j'ai hérité ou rencontré du code scientifique écrit par d'autres personnes (ou parfois même par mon propre travail), j'ai remarqué que la documentation était soit rare, soit inexistante. Si j'ai de la chance, je vois des commentaires informatifs. Si j'ai beaucoup de chance, il y a même des …

44 software documentation

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Lieux de publication d'articles qui mettent l'accent sur les logiciels

Le logiciel est un élément fondamental de la science informatique et est de plus en plus reconnu comme un élément essentiel du dossier scientifique. Étant donné l'intérêt d'utiliser un code existant et bien testé, il semble utile de communiquer le plus largement possible l'existence de codes utiles et de créditer …

36 software publications

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Comment puis-je m'assurer que les résultats de mes simulations et ceux de mon article sont toujours synchronisés?

Dans l'un de mes articles, j'énumère des résultats numériques en plus de certains chiffres. Ce que j'aimerais faire, c'est m'assurer que les résultats numériques dans mon papier sont toujours en accord avec le code. À l’heure actuelle, je copie directement les résultats numériques de la sortie de ma simulation dans …

34 software documentation reproducibility

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Quelle est la façon la plus simple de faire une installation locale d'un utilisateur d'un package python?

Je ne veux pas traiter avec virtualenv pour une installation Python locale, je veux juste installer quelques paquets localement sans traiter la PYTHONPATHvariable d'environnement, comment faire?

32 python software

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Système de gestion du workflow scientifique

Quelqu'un peut-il me recommander un bon système de gestion de flux de travail (WMS), de préférence en Python? Jusqu'à présent, j'utilise GNU Make, mais cela introduit une couche de complexité que je veux éviter. Un bon WMS doit avoir les caractéristiques suivantes: s'intègre facilement avec les outils de ligne de …

30 software python

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Quelle est la bonne façon d'exécuter des études de paramètres en C ++

Le problème Je travaille actuellement sur une simulation d'élément fini Navier Stokes et j'aimerais étudier les effets d'une variété de paramètres. Certains paramètres sont spécifiés dans un fichier d'entrée ou via une option de ligne de commande; d'autres paramètres sont fournis sous forme d'indicateurs dans un Makefile, mon code doit …

29 software finite-element python c++

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Quelle est la relation entre BLAS, LAPACK et d'autres bibliothèques d'algèbre linéaire?

J'ai étudié les bibliothèques d'algèbre linéaire C ++ pour un projet sur lequel je travaillais. Quelque chose que je n'ai pas encore saisi est la connexion de BLAS et LAPACK à d'autres bibliothèques d'algèbre linéaire. En parcourant cet article sur les bibliothèques d'algèbre linéaire, j'ai trouvé intéressant que: certaines bibliothèques …

26 linear-algebra software lapack blas

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Recommandations et expériences sur quelle licence choisir pour le logiciel?

Les développeurs de logiciels ont le choix de choisir une licence appropriée en fonction des objectifs du travail. Quelqu'un peut-il donner des recommandations / expériences sur quelle licence choisir pour le logiciel? Quels sont les avantages / inconvénients de "donner" tout le travail codé en tant que codes open source? …

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Existe-t-il un logiciel capable de générer automatiquement des routines C à virgule flottante à précision numérique à partir de formules symboliques?

Étant donné une fonction réelle de variables réelles, existe-t-il un logiciel capable de générer automatiquement un code numérique précis pour calculer la fonction sur toutes les entrées d'une machine équipée de l'arithmétique IEEE 754? Par exemple, si la fonction réelle à évaluer était: Le logiciel prendrait en compte l'annulation catastrophique …

25 software floating-point accuracy

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Comment dois-je installer un compilateur Fortran sur un Mac? (OS X 10.x, x> = 4)

Question connexe: état de Mac OS en calcul scientifique et HPC Un nombre important de progiciels en science informatique sont écrits en Fortran, et Fortran ne va pas disparaître. Un compilateur Fortran est également requis pour construire d'autres progiciels (un exemple notable étant SciPy ). Cependant, Mac OS X n'inclut …

25 software fortran

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Quelles sont les principales différences entre PETSc et Trilinos?

Pour autant que je sache, les deux grands cadres génériques des logiciels de science informatique du Département américain de l'énergie sont PETSc et Trilinos . Ils semblent similaires à première vue, au-delà des différences de langage (C versus C ++). Quelles sont les principales différences entre les deux cadres et …

24 petsc software trilinos

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Quel logiciel est bon à utiliser pour le débogage parallèle?

Je n'exécute aucun code parallèle pour le moment, mais je prévois d'exécuter du code parallèle à l'avenir en utilisant un hybride d'OpenMP et de MPI. Les débogueurs ont été des outils précieux pour moi lors de l'exécution de projets en série. Quelqu'un peut-il recommander un débogueur parallèle (ou plusieurs débogueurs) …

24 software parallel-computing

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Quel matériel dois-je inclure dans un article de revue (ou publier en ligne) afin de rendre mes recherches informatiques reproductibles?

La reproductibilité est devenue de plus en plus importante dans la recherche en science informatique. (Par exemple, consultez cet article de Roger Peng dans Science ; je connais également d'autres articles et sites Web de ce type.) Cependant, je ne sais pas exactement combien d'informations je devrais inclure avec un …

23 software publications documentation reproducibility

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Est-il possible d'utiliser Octave pour apprendre la programmation MATLAB?

Cette question a été migrée à partir de Cross Validated car il est possible d'y répondre sur Computational Science Stack Exchange. Migré il y a 7 ans . Je veux apprendre la programmation MATLAB afin de pouvoir effectuer des recherches / analyses par moi-même et aussi, afin de pouvoir étudier …

23 software matlab languages octave

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