Questions marquées «genetics»

L'étude scientifique des principes de l'hérédité et de la variation des traits hérités parmi les organismes apparentés.

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Sélection des fonctionnalités pour le modèle «final» lors de la validation croisée en apprentissage automatique
Je suis un peu confus au sujet de la sélection des fonctionnalités et de l'apprentissage automatique, et je me demandais si vous pouviez m'aider. J'ai un jeu de données de micropuces qui est classé en deux groupes et qui comporte des milliers de fonctionnalités. Mon objectif est d'obtenir un petit …
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Quelles sont les valeurs correctes pour la précision et le rappel dans les cas de bord?
La précision est définie comme: p = true positives / (true positives + false positives) Est - il exact que, true positiveset false positivesapproche 0, la précision approche 1? Même question pour rappel: r = true positives / (true positives + false negatives) J'implémente actuellement un test statistique où j'ai …
20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 
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Comment fonctionne la normalisation quantile?
Dans les études d'expression génique utilisant des puces à ADN, les données d'intensité doivent être normalisées afin que les intensités puissent être comparées entre les individus, entre les gènes. Sur le plan conceptuel et algorithmique, comment fonctionne la «normalisation quantile» et comment expliqueriez-vous cela à un non-statisticien?
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Calcul de la probabilité de chevauchement de la liste de gènes entre une séquence d'ARN et un ensemble de données de puce ChIP
J'espère que quelqu'un sur ces forums pourra m'aider avec ce problème de base dans les études d'expression génique. J'ai fait un séquençage profond d'un tissu expérimental et d'un tissu témoin. J'ai ensuite obtenu des valeurs d'enrichissement par repli des gènes dans l'échantillon expérimental par rapport au contrôle. Le génome de …
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Analyse d'enrichissement par niveau de duplication de gènes
Contexte biologique Au fil du temps, certaines espèces végétales ont tendance à dupliquer leurs génomes entiers, obtenant une copie supplémentaire de chaque gène. En raison de l'instabilité de cette configuration, bon nombre de ces gènes sont ensuite supprimés, et le génome se réorganise et se stabilise, prêt à être dupliqué …
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Analyse de puissance pour l'analyse de survie
Si j’émets l’hypothèse qu’une signature génique identifiera les sujets à moindre risque de récidive, c’est-à-dire diminuer de 0,5 (rapport de risque de 0,5) le taux d’événement dans 20% de la population et j’ai l’intention d’utiliser des échantillons issus d’une étude de cohorte rétrospective la taille de l'échantillon doit être ajustée …
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Seuils doux contre pénalisation Lasso
J'essaie de résumer ce que j'ai compris jusqu'à présent dans l'analyse multivariée pénalisée avec des ensembles de données de grande dimension, et j'ai toujours du mal à obtenir une définition correcte du seuillage progressif par rapport à la pénalisation Lasso (ou ).L1L1L_1 Plus précisément, j'ai utilisé une régression PLS clairsemée …
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Comment les enfants parviennent-ils à rassembler leurs parents dans une projection PCA d'un ensemble de données GWAS?
Prenez 20 points aléatoires dans un espace de 10 000 dimensions avec chaque coordonnée iid de . Répartissez-les en 10 paires («couples») et ajoutez la moyenne de chaque paire («un enfant») à l'ensemble de données. Ensuite, faites PCA sur les 30 points résultants et tracez PC1 vs PC2.N(0,1)N(0,1)\mathcal N(0,1) Une …
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Comment calculer l'erreur standard des rapports de cotes?
J'ai deux ensembles de données provenant d'études d'association à l'échelle du génome. Les seules informations disponibles sont le rapport de cotes et la valeur de p pour le premier ensemble de données. Pour le deuxième ensemble de données, j'ai le rapport de cotes, la valeur de p et les fréquences …
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Comment calculer les intervalles de confiance pour les ratios impairs regroupés dans la méta-analyse?
J'ai deux ensembles de données provenant d'études d'association à l'échelle du génome. Les seules informations disponibles sont les rapports impairs et leurs intervalles de confiance (95%) pour chaque SNP génotypé. Je veux générer un graphique forestier comparant ces deux rapports de cotes, mais je ne trouve pas le moyen de …
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