Statistiques et Big Data lme4-nlme

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Il y a beaucoup de discussions sur ce forum sur la bonne façon de spécifier divers modèles hiérarchiques en utilisant lmer. J'ai pensé que ce serait génial d'avoir toutes les informations au même endroit. Quelques questions pour commencer: Comment spécifier plusieurs niveaux, où un groupe est imbriqué dans l'autre: est-ce …

160 r mixed-model random-effects-model fixed-effects-model lme4-nlme

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Effets aléatoires croisés et imbriqués: en quoi diffèrent-ils et comment sont-ils spécifiés correctement dans lme4?

Voici comment j'ai compris les effets aléatoires imbriqués et croisés: Les effets aléatoires imbriqués se produisent lorsqu'un facteur de niveau inférieur apparaît uniquement dans un niveau particulier d'un facteur de niveau supérieur. Par exemple, les élèves dans les classes à un moment donné. En lme4pensant que nous représentons les effets …

88 r mixed-model multilevel-analysis lme4-nlme

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Quelle peur devrions-nous avoir à propos des avertissements de convergence dans lme4

Si nous ajustons un regard, nous pouvons recevoir un avertissement nous indiquant que le modèle a du mal à converger ... par exemple >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Une autre façon de vérifier la …

88 r mixed-model lme4-nlme

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Qu'est-ce qu'une carence en rang et comment y remédier?

Une régression logistique à l'aide de lme4 se termine par Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Une cause probable de cette erreur est apparemment une insuffisance de rang. Qu'est-ce qu'une déficience de rang et comment devrais-je y remédier?

87 r logistic lme4-nlme

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Comment choisir la bibliothèque nlme ou lme4 R pour les modèles à effets mixtes?

Je s'adapter quelques modèles à effets mixtes ( en particulier les modèles longitudinaux) en utilisant lme4dans Rmais je voudrais vraiment maîtriser les modèles et le code qui va avec eux. Cependant, avant de plonger avec les deux pieds (et d'acheter des livres), je veux être sûr d'apprendre la bonne bibliothèque. …

85 r mixed-model lme4-nlme

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Comment obtenir la valeur p (vérification de la signification) d'un effet dans un modèle mixte lme4?

J'utilise lme4 in R pour s'adapter au modèle mixte lmer(value~status+(1|experiment))) où la valeur est continue, le statut et l'expérience sont des facteurs, et je reçois Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random …

56 r hypothesis-testing mixed-model p-value lme4-nlme

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Quel est le lien entre un «modèle à effets aléatoires» en économétrie et des modèles mixtes extérieurs à l'économétrie?

J'avais l'habitude de penser que le "modèle à effets aléatoires" en économétrie correspond à un "modèle mixte avec interception aléatoire" en dehors de l'économétrie, mais je ne suis pas sûr à l'heure actuelle. Le fait-il? L'économétrie utilise des termes tels que "effets fixes" et "effets aléatoires", ce qui diffère quelque …

56 mixed-model econometrics panel-data lme4-nlme plm

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Questions sur la manière dont les effets aléatoires sont spécifiés dans lmer

J'ai récemment mesuré la façon dont le sens d'un nouveau mot est acquis au cours d'expositions répétées (pratique: du premier au dixième jour) en mesurant les ERP (EEG) lorsque le mot a été vu dans différents contextes. J'ai également contrôlé les propriétés du contexte, par exemple son utilité pour la …

55 r mixed-model lme4-nlme random-effects-model

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Interprétation du prédicteur et / ou de la réponse transformé par log

Je me demande si cela fait une différence d'interprétation si seules les variables dépendantes, indépendantes et dépendantes, ou uniquement les variables indépendantes sont transformées par un journal. Considérons le cas de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Je peux interpréter l'IV comme l'augmentation en pourcentage, mais comment cela change-t-il …

46 regression data-transformation interpretation regression-coefficients logarithm r dataset stata hypothesis-testing contingency-tables hypothesis-testing statistical-significance standard-deviation unbiased-estimator t-distribution r functional-data-analysis maximum-likelihood bootstrap regression change-point regression sas hypothesis-testing bayesian randomness predictive-models nonparametric terminology parametric correlation effect-size loess mean pdf quantile-function bioinformatics regression terminology r-squared pdf maximum multivariate-analysis references data-visualization r pca r mixed-model lme4-nlme distributions probability bayesian prior anova chi-squared binomial generalized-linear-model anova repeated-measures t-test post-hoc clustering variance probability hypothesis-testing references binomial profile-likelihood self-study excel data-transformation skewness distributions statistical-significance econometrics spatial r regression anova spss linear-model

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Utilisation de lmer pour le modèle linéaire à effets mixtes à mesures répétées

EDIT 2: Au départ, je pensais que je devais exécuter une ANOVA à deux facteurs avec des mesures répétées d'un facteur, mais je pense maintenant qu'un modèle linéaire à effets mixtes fonctionnera mieux pour mes données. Je pense que je sais presque ce qui doit se passer, mais je suis …

41 r anova mixed-model repeated-measures lme4-nlme

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Pourquoi glmer n'atteint-il pas le maximum de vraisemblance (comme le prouve l'application d'une optimisation générique supplémentaire)?

Dériver numériquement les MLE de GLMM est difficile et, dans la pratique, je sais que nous ne devrions pas utiliser l'optimisation de la force brute (par exemple, en utilisant optimune méthode simple). Mais pour mon propre but éducatif, je veux l'essayer pour m'assurer de bien comprendre le modèle (voir le …

37 r maximum-likelihood optimization lme4-nlme

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Intervalle de prédiction pour le modèle à effets mixtes lmer () dans R

Je veux obtenir un intervalle de prédiction autour d'une prédiction à partir d'un modèle lmer (). J'ai trouvé des discussions à ce sujet: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq mais ils semblent ne pas tenir compte de l'incertitude des effets aléatoires. Voici un exemple spécifique. Je cours des poissons d'or. J'ai des données sur …

37 r mixed-model prediction prediction-interval lme4-nlme

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Dans quelle mesure les intervalles de confiance des objets lmer sont-ils fiables dans le paquet d'effets?

Effectspackage fournit un moyen très rapide et pratique pour tracer les résultats de modèle à effets mixtes linéaires obtenus par lme4package . leeffect fonction calcule très rapidement les intervalles de confiance (IC), mais dans quelle mesure ces intervalles de confiance sont-ils fiables? Par exemple: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- …

36 r mixed-model confidence-interval effects lme4-nlme

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Qu'est-ce que la symétrie composée en anglais?

J'ai récemment réalisé qu'un modèle mixte avec un seul sujet comme facteur aléatoire et les autres facteurs comme facteurs fixes équivaut à une ANOVA lors de la définition de la structure corrélationnelle du modèle mixte sur une symétrie composée. Par conséquent, j'aimerais savoir ce que signifie la symétrie composée dans …

35 correlation anova mixed-model lme4-nlme

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Modèle à effets mixtes avec imbrication

J'ai des données recueillies à partir d'une expérience organisée comme suit: Deux sites de 30 arbres chacun. 15 sont traités, 15 sont contrôlés sur chaque site. De chaque arbre, nous échantillonnons trois morceaux de la tige et trois morceaux des racines, soit 6 échantillons de niveau 1 par arbre, représentés …

34 r mixed-model model nested-data lme4-nlme

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