Science computationnelle

Questions-réponses pour les scientifiques utilisant des ordinateurs pour résoudre des problèmes scientifiques

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Pour quelles méthodes statistiques les GPU sont-ils plus rapides que les CPU?
Je viens d'installer une carte graphique Nvidia GT660 sur mon bureau et, après quelques difficultés, j'ai réussi à l'interfacer avec R. J'ai joué avec plusieurs packages R qui utilisent des GPU, en particulier gputools, et je comparais le temps pris par mon GPU et mon processeur pour effectuer certaines opérations …
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Comment détermine-t-on le groupe ponctuel d'une molécule?
Vous avez enfin réussi à découvrir comment les atomes sont disposés spatialement sur votre entité moléculaire nouvellement découverte. Par exemple, grâce à des moyens spectroscopiques, vous êtes maintenant en possession d'un tas de coordonnées atomiques, de types d'atomes, de longueurs de liaisons, de types de liaisons et ainsi de suite …
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Distance euclidienne en octave
Je voudrais savoir s'il existe un moyen rapide de calculer la distance euclidienne de deux vecteurs en octave. Il semble qu'il n'y ait pas de fonction spéciale pour cela, alors devrais-je simplement utiliser la formule avec sqrt?
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Les implémentations BLAS garantissent-elles exactement le même résultat?
Étant donné deux implémentations BLAS différentes, pouvons-nous nous attendre à ce qu'elles effectuent exactement les mêmes calculs en virgule flottante et renvoient les mêmes résultats? Ou peut-il arriver, par exemple, que l'on calcule un produit scalaire comme et un comme donnant ainsi éventuellement un résultat différent en virgule flottante IEEE …
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Quelle version de Fortran dois-je apprendre?
Je suis un étudiant en génie mécanique intéressé par le domaine de l'ingénierie aérospatiale où, me dit-on, Fortran est encore couramment utilisé. Quelle version de Fortran dois-je investir mon temps pour apprendre?
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Taille du fichier binaire vs ASCII
J'ai besoin d'écrire quelques données à partir d'un calcul, qui seront lues plus tard par Paraview (fichier .vtu ou vtk). En ce qui concerne la taille du fichier, dois-je opter pour le format ASCII ou le format binaire?
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Python vs FORTRAN
Lequel est le meilleur: FORTRAN ou Python? Et je suppose que dans les deux cas, vous avez besoin de Gnuplot, ai-je raison? Je travaille actuellement sur une machine Windows. J'aimerais l'utiliser pour obtenir des solutions numériques pour des problèmes de physique, y compris des simulations Monte-Carlo, l'intégration et la différenciation …
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Logiciel de génération de maillage scripté
Je recherche un logiciel de génération de maillage qui est gratuit et open source, fournit une interface de script saine pour la spécification de domaine, travaille pour des géométries complexes, peut générer des maillages 2D et 3D, Quelles options ai-je?
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Les GPU actuellement disponibles prennent-ils en charge l'arithmétique à virgule flottante double précision?
J'ai exécuté le code de dynamique moléculaire (MD) GROMACS sur un cluster Linux Ubuntu composé de nœuds contenant 24 processeurs Intel Xeon. Mon point d'intérêt particulier se révèle être quelque peu sensible à la précision arithmétique à virgule flottante, j'ai donc dû exécuter GROMACS en double précision plutôt qu'en simple …
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