J'ai exécuté le code de dynamique moléculaire (MD) GROMACS sur un cluster Linux Ubuntu composé de nœuds contenant 24 processeurs Intel Xeon. Mon point d'intérêt particulier se révèle être quelque peu sensible à la précision arithmétique à virgule flottante, j'ai donc dû exécuter GROMACS en double précision plutôt qu'en simple précision - malgré le coût de calcul plus élevé de la double précision. Donc sur le cluster, j'ai compilé GROMACS en double précision.
J'envisage d'acheter certains GPU, car il peut y avoir une accélération relative ("accélération du GPU") par rapport aux CPU. Cependant, j'ai besoin d'un GPU qui me permettra de faire de l'arithmétique double précision. Savez-vous si un tel matériel est disponible dans le commerce? Un récent post sur la liste de diffusion GROMACS suggère que les GPU double précision ne sont pas disponibles dans le commerce:
Le matériel ne le supporte pas [arithmétique double précision] pour le moment AFAIK.
Cette page Wikipedia semble suggérer que les GPU à double précision sont rares car ils peuvent être inefficaces:
Les implémentations de virgule flottante sur les GPU Nvidia sont pour la plupart conformes IEEE; cependant, ce n'est pas vrai pour tous les fournisseurs. Cela a des implications pour l'exactitude qui sont considérées comme importantes pour certaines applications scientifiques. Bien que les valeurs à virgule flottante 64 bits (flottant double précision) soient couramment disponibles sur les processeurs, elles ne sont pas universellement prises en charge sur les GPU; certaines architectures GPU sacrifient la conformité IEEE tandis que d'autres manquent complètement de double précision. Des efforts ont été faits pour émuler des valeurs à virgule flottante double précision sur les GPU; cependant, le compromis de vitesse annule tout avantage à décharger le calcul sur le GPU en premier lieu.
Cette page NVIDIA Tesla , en faisant référence à "Performances en virgule flottante double précision de pointe" dans le graphique, semble suggérer que les calculs en double précision peuvent , en fait, être effectués sur leurs GPU (bien qu'à un coût de calcul plus élevé).
Alors, que dois-je croire? Avez-vous une expérience avec ce problème?