Statistiques et Big Data r

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Diagrammes pour illustrer les résultats du modèle linéaire à effets mixtes

J'ai analysé certaines données à l'aide de la modélisation linéaire à effets mixtes dans R. Je prévois de faire une affiche avec les résultats et je me demandais simplement si quelqu'un expérimenté avec les modèles à effets mixtes pourrait suggérer les tracés à utiliser pour illustrer les résultats de la …

13 r data-visualization mixed-model

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Comprendre la création de variables factices (manuelles ou automatisées) dans GLM

Si une variable de facteur (par exemple, le sexe avec les niveaux M et F) est utilisée dans la formule glm, des variables fictives sont créées et peuvent être trouvées dans le résumé du modèle glm avec leurs coefficients associés (par exemple, genderM) Si, au lieu de compter sur R …

13 r generalized-linear-model categorical-data categorical-encoding

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Comment estimer la fonction de risque de base dans le modèle de Cox avec R

J'ai besoin d'estimer la fonction de risque de base dans un modèle de Cox dépendant du tempsλ0(t)λ0(t)\lambda_0(t) λ(t)=λ0(t)exp(Z(t)′β)λ(t)=λ0(t)exp⁡(Z(t)′β)\lambda(t) = \lambda_0(t) \exp(Z(t)'\beta) Pendant que je suivais le cours de survie, je me souviens que la dérivée directe de la fonction de risque cumulatif ( ) ne serait pas un bon estimateur …

13 r survival cox-model

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Termes d'interaction et polynômes d'ordre supérieur

Si je souhaitais ajuster les interactions bidirectionnelles entre une variable explicative linéaire et autre variable explicative qui a une relation quadratique avec la variable dépendante , devrais-je inclure à la fois l'interaction avec la composante quadratique et l'interaction avec la linéaire composant dans le modèle? Par exemple: À son tour, …

13 r regression model-selection

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Comment puis-je calculer une valeur t critique à l'aide de R?

Désolé s'il s'agit d'une nouvelle question; J'essaie de m'enseigner les statistiques pour la première fois. Je pense que j'ai la procédure de base, mais j'ai du mal à l'exécuter avec R. Donc, j'essaie d'évaluer la signification des coefficients de régression dans une régression linéaire multiple de forme y^=Xβ^y^=Xβ^ \hat y …

13 r statistical-significance multiple-regression

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Calcul de la probabilité de chevauchement de la liste de gènes entre une séquence d'ARN et un ensemble de données de puce ChIP

J'espère que quelqu'un sur ces forums pourra m'aider avec ce problème de base dans les études d'expression génique. J'ai fait un séquençage profond d'un tissu expérimental et d'un tissu témoin. J'ai ensuite obtenu des valeurs d'enrichissement par repli des gènes dans l'échantillon expérimental par rapport au contrôle. Le génome de …

13 r genetics bioinformatics microarray biostatistics

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Signification de l'axe des y dans le graphique de dépendance partielle de la forêt aléatoire

J'utilise le RandomForestpackage R et je ne sais pas comment interpréter les valeurs de l'axe Y dans leurs graphiques de dépendance partielle. Les documents d'aide indiquent que l'intrigue est une "représentation graphique de l'effet marginal d'une variable sur la probabilité de classe". Cependant, je suis toujours confus quant à ce …

13 r interpretation random-forest partial-plot

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Comment lire la bonté de l'ajustement sur nls de R?

J'essaie d'interpréter la sortie de nls (). J'ai lu ce post mais je ne comprends toujours pas comment choisir le meilleur ajustement. De mes ajustements, j'ai deux sorties: > summary(m) Formula: y ~ I(a * x^b) Parameters: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) a 479.92903 62.96371 7.622 0.000618 *** b …

12 r least-squares nonlinear-regression goodness-of-fit

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La méta-analyse des rapports de cotes est-elle essentiellement sans espoir?

Dans un article récent, Norton et al. (2018) déclare que[ 1][1]^{[1]} Différents rapports de cotes de la même étude ne peuvent pas être comparés lorsque les modèles statistiques qui aboutissent à des estimations de rapports de cotes ont des variables explicatives différentes parce que chaque modèle a un facteur d'échelle …

12 r logistic meta-analysis odds-ratio adjustment

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Comment programmer une simulation Monte Carlo du paradoxe de la boîte de Bertrand?

Le problème suivant a été publié sur la page Facebook de Mensa International: \quad\quad\quad\quad\quad\quad\quad\quad Le message lui-même a reçu plus de 1000 commentaires, mais je n'entrerai pas dans les détails du débat là-bas, car je sais que c'est le paradoxe de la boîte de Bertrand et la réponse est . …

12 r probability simulation monte-carlo paradox

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Modèles additifs généralisés (GAM), interactions et covariables

J'ai exploré un certain nombre d'outils de prévision et j'ai trouvé que les modèles additifs généralisés (GAM) avaient le plus de potentiel à cette fin. Les GAM sont super! Ils permettent de spécifier très succinctement des modèles complexes. Cependant, cette même concision me cause une certaine confusion, en particulier en …

12 r modeling gam mgcv

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L'intrigue QQ semble normale, mais le test de Shapiro-Wilk dit le contraire

Dans R, j'ai un échantillon de 348 mesures et je veux savoir si je peux supposer qu'il est normalement distribué pour de futurs tests. Essentiellement après une autre réponse Stack , je regarde le tracé de densité et le tracé QQ avec: plot(density(Clinical$cancer_age)) qqnorm(Clinical$cancer_age);qqline(Clinical$cancer_age, col = 2) Je n'ai pas …

12 r normal-distribution

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Que sont les polynômes orthogonaux multivariés calculés dans R?

Les polynômes orthogonaux dans un ensemble univarié de points sont des polynômes qui produisent des valeurs sur ces points d'une manière telle que son produit scalaire et sa corrélation par paires sont nuls. R peut produire des polynômes orthogonaux avec fonction poly . La même fonction a une variante polym …

12 r multiple-regression polynomial orthogonal

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Intervalles de confiance sur les prédictions pour un modèle mixte non linéaire (nlme)

Je souhaiterais obtenir des intervalles de confiance à 95% sur les prédictions d'un nlmemodèle mixte non linéaire . Étant donné que rien de standard n'est fourni pour le faire à l'intérieur nlme, je me demandais s'il était correct d'utiliser la méthode des "intervalles de prédiction de population", comme indiqué dans …

12 r mixed-model confidence-interval lme4-nlme

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Utilisation de lm pour le test de proportion à 2 échantillons

J'utilise des modèles linéaires pour effectuer des tests de proportion à 2 échantillons depuis un certain temps, mais je me suis rendu compte que cela pourrait ne pas être complètement correct. Il semble que l'utilisation d'un modèle linéaire généralisé avec un lien famille binomiale + identité donne exactement les résultats …

12 r hypothesis-testing generalized-linear-model proportion

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