Science computationnelle

Questions-réponses pour les scientifiques utilisant des ordinateurs pour résoudre des problèmes scientifiques

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Quel est le coût de calcul de
L'un des principaux problèmes auxquels nous devons faire face dans les simulations moléculaires est le calcul des forces dépendantes de la distance. Si nous pouvons restreindre les fonctions de force et de distance pour avoir des puissances égales de la distance de séparation , alors nous pouvons simplement calculer le …
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Recommandations et expériences sur quelle licence choisir pour le logiciel?
Les développeurs de logiciels ont le choix de choisir une licence appropriée en fonction des objectifs du travail. Quelqu'un peut-il donner des recommandations / expériences sur quelle licence choisir pour le logiciel? Quels sont les avantages / inconvénients de "donner" tout le travail codé en tant que codes open source? …
26 software 
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Compression des données à virgule flottante
Existe-t-il des outils spécialement conçus pour compresser les données scientifiques en virgule flottante? Si une fonction est lisse, il y a évidemment beaucoup de corrélation entre les nombres représentant cette fonction, donc les données doivent bien se compresser. Zipper / gzipper des données binaires en virgule flottante ne les comprime …
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Visualisation de très gros graphiques de liens
Je recherche un outil pour visualiser de très gros graphes de liens directionnels. J'ai actuellement environ 2 millions de nœuds avec environ 10 millions de bords. J'ai essayé quelques choses différentes, mais la plupart prennent des heures pour même faire des graphiques de nœuds de 100k Ce que j'ai essayé: …
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Existe-t-il un logiciel capable de générer automatiquement des routines C à virgule flottante à précision numérique à partir de formules symboliques?
Étant donné une fonction réelle de variables réelles, existe-t-il un logiciel capable de générer automatiquement un code numérique précis pour calculer la fonction sur toutes les entrées d'une machine équipée de l'arithmétique IEEE 754? Par exemple, si la fonction réelle à évaluer était: Le logiciel prendrait en compte l'annulation catastrophique …
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Méthode d'intégration numérique d'une intégrale oscillatoire difficile
J'ai besoin d'évaluer numériquement l'intégrale ci-dessous: ∫∞0s i n c′(xr)rE(r)−−−−√dr∫0∞sinc′(xr)rE(r)dr\int_0^\infty \mathrm{sinc}'(xr) r \sqrt{E(r)} dr où , et . Ici est la fonction de Bessel modifiée du second type. Dans mon cas particulier, j'ai , etx∈R+λ,κ,ν>0Kλ=0,00313κ=0,00825ν=0,33E(r)=r4(λκ2+r2−−−−−−√)−ν−5/2K−ν−5/2(λκ2+r2−−−−−−√)E(r)=r4(λκ2+r2)−ν−5/2K−ν−5/2(λκ2+r2)E(r) = r^4 (\lambda\sqrt{\kappa^2+r^2})^{-\nu-5/2} K_{-\nu-5/2}(\lambda\sqrt{\kappa^2+r^2})x ∈ R+x∈R+x \in \mathbb{R}_+λ , κ , ν> 0λ,κ,ν>0\lambda, \kappa, \nu …
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BFGS vs méthode du gradient conjugué
Quelles considérations dois-je prendre lors du choix entre BFGS et gradient conjugué pour l'optimisation? La fonction que j'essaie d'adapter à ces variables sont des fonctions exponentielles; cependant, la fonction objective réelle implique l'intégration, entre autres choses, et est très coûteuse si cela aide du tout.
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Que signifie «symplectique» en référence aux intégrateurs numériques, et l'odeint de SciPy les utilise-t-il?
Dans ce commentaire, j'ai écrit: ... intégrateur SciPy par défaut, qui, je suppose, utilise uniquement des méthodes symplectiques. dans lequel je me réfère à SciPy's odeint, qui utilise soit une "méthode non rigide (Adams)" ou une "méthode rigide (BDF)". Selon la source : def odeint(func, y0, t, args=(), Dfun=None, col_deriv=0, …
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Conservation d'une grandeur physique lors de l'utilisation des conditions aux limites de Neumann appliquées à l'équation d'advection-diffusion
Je ne comprends pas le comportement différent de l'équation d'advection-diffusion lorsque j'applique différentes conditions aux limites. Ma motivation est la simulation d'une grandeur physique réelle (densité de particules) sous diffusion et advection. La densité des particules doit être conservée à l'intérieur, sauf si elle s'écoule des bords. Par cette logique, …
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Quand dois-je utiliser des modèles d'expressions C ++ en science informatique et quand ne dois-je * pas * les utiliser?
Supposons que je travaille sur un code scientifique en C ++. Lors d'une récente discussion avec un collègue, il a été avancé que les modèles d'expression pouvaient être une très mauvaise chose, rendant potentiellement le logiciel compilable uniquement sur certaines versions de gcc. Soi-disant, ce problème a affecté quelques codes …
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