Science computationnelle parallel-computing

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Comment exécuter MPI-3.0 en mode mémoire partagée comme OpenMP

Je parallélise le code pour résoudre numériquement un modèle d'équilibre de population à 5 dimensions. Actuellement, j'ai un très bon code parallélisé MPICH2 dans FORTRAN mais à mesure que nous augmentons les valeurs des paramètres, les tableaux deviennent trop volumineux pour fonctionner en mode mémoire distribuée. J'ai accès à un …

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Exemples de calculs PDE utilisant le parallélisme à la fois dans l'espace et dans le temps

Dans la solution numérique des PDE à valeur limite initiale, il est très courant d'employer le parallélisme dans l'espace . Il est beaucoup moins courant d'employer une certaine forme de parallélisme dans la discrétisation temporelle , et ce parallélisme est généralement beaucoup plus limité. Je connais un nombre croissant de …

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Avez-vous des recommandations pour les frameworks de tests unitaires compatibles avec le code / les bibliothèques qui utilisent MPI?

Habituellement, j'écris du code série, et quand je le fais, j'écris des tests unitaires avec un cadre de test de style xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, ou le cadre de test C ++ de Google). Sur la base d'une recherche rapide sur Google, je n'ai pas beaucoup vu comment …

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Algorithmes parallèles (GPU) pour les automates cellulaires asynchrones

J'ai une collection de modèles informatiques qui pourraient être décrits comme des automates cellulaires asynchrones. Ces modèles ressemblent au modèle Ising, mais sont légèrement plus compliqués. Il semble que de tels modèles gagneraient à être exécutés sur un GPU plutôt que sur un CPU. Malheureusement, il n'est pas très simple …

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Meilleures méthodologies pour gérer un maillage en calcul par éléments finis parallèles?

Je développe actuellement une méthode de décomposition de domaine pour la solution du problème de diffusion. Fondamentalement, je résous un système de BVP Helmholtz de manière itérative. Je discrétise les équations en utilisant la méthode des éléments finis sur des maillages triangulaires ou tétraédriques. Je développe le code vers ma …

11 finite-element parallel-computing mesh-generation domain-decomposition mesh

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Je recherche une bibliothèque de graphes dynamiques parallèles en C ++

Bonjour communauté scicomp, J'ai travaillé dans le domaine des algorithmes de graphes en utilisant des frameworks tels que NetworkX (Python), JUNG et YFiles (Java). J'entre maintenant dans le domaine de l'informatique parallèle et haute performance. Pour un nouveau projet, je recherche une bibliothèque de graphes C ++ avec les fonctionnalités …

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Guides sur Python pour la programmation parallèle en mémoire partagée

J'ai de l'expérience dans le codage d'OpenMP pour les machines à mémoire partagée (en C et FORTRAN) pour effectuer des tâches simples comme l'ajout de matrice, la multiplication, etc. (Juste pour voir comment il est en concurrence avec LAPACK). Je connais suffisamment OpenMP pour effectuer des tâches simples sans avoir …

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Comment paralléliser une méthode multigrille pour résoudre un système linéaire d'équations?

Si je comprends bien, la méthode multigrille résout un système linéaire en résolvant une version plus grossière du même problème (en éliminant les erreurs de basse fréquence) puis en se projetant sur la grille fine pour atténuer les erreurs de haute fréquence. Pour les grands systèmes, je peux voir comment …

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Est-il préférable de se concentrer sur l'étude des mathématiques ou du calcul?

Parallèlement à mes recherches sur les méthodes de sous-espace de Krylov, j'ai la possibilité d'explorer les mathématiques derrière HPC un pas en avant ou la théorie du calcul (matériel, OS, compilateurs etc.). Actuellement, je connais suffisamment les deux pour me débrouiller. Par exemple, je sais comment dériver les équations de …

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Quelles sont les différences entre Parareal, PITA et PFASST?

Les algorithmes Parareal, PITA et PFASST sont tous des techniques à travers le domaine pour paralléliser la solution des problèmes liés au temps dans le temps. Quels sont les principes directeurs derrière ces méthodes? Quelles sont les principales différences entre eux? Puis-je dire que l'un est basé sur un autre? …

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cuda et méthodes numériques avec discrétisation temporelle implicite

Je cherche à porter du code qui résout un ensemble d'équations différentielles partielles (PDE) par la méthode des volumes finis sous forme IMPLICITE (pour la discrétisation temporelle). Il en résulte qu'il existe un système tridiagonal d'équations dans les directions x, y, z qui est géré par le schéma ADI / …

10 parallel-computing implicit-methods cuda

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Meilleur choix de solveur pour un grand système symétrique clairsemé (mais pas défini positif)

Je travaille actuellement sur la résolution de très grands systèmes symétriques (mais pas définis positifs), générés par certains algorithmes. Ces matrices ont une belle densité de blocs qui peut être utilisée pour la résolution parallèle. Mais je ne peux pas décider si je dois utiliser une approche directe (comme Multi-frontale) …

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Bibliothèques parallèles à mémoire partagée basées sur les tâches dans le calcul scientifique

Au cours des dernières années, plusieurs bibliothèques / projets logiciels sont apparus qui offrent une forme ou une autre de parallélisme à mémoire partagée basé sur des données à usage général. L'idée principale est qu'au lieu d'écrire un code explicitement threadé, les programmeurs implémentent leurs algorithmes en tant que tâches …

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Poussée pour la programmation GPU

Je suis très nouveau dans la programmation GPGPU, alors pardonnez-moi si la question n'est pas particulièrement appropriée. D'après ce que je comprends, la programmation GPU est un travail d'ingénierie très complexe par rapport à la programmation CPU habituelle. Il faut faire très attention aux problèmes de divergence, de tuilage, d'allocation …

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Diagonalisation des matrices conditionnées denses et malades

J'essaie de diagonaliser des matrices denses et mal conditionnées. En précision machine, les résultats sont inexacts (renvoyant des valeurs propres négatives, les vecteurs propres n'ont pas les symétries attendues). Je suis passé à la fonction Eigensystem [] de Mathematica pour profiter d'une précision arbitraire, mais les calculs sont extrêmement lents. …

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