Science computationnelle molecular-dynamics

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Je voudrais savoir s'il existe un moyen rapide de calculer la distance euclidienne de deux vecteurs en octave. Il semble qu'il n'y ait pas de fonction spéciale pour cela, alors devrais-je simplement utiliser la formule avec sqrt?

18 octave discretization nonlinear-equations newton-method visualization fluid-dynamics mesh-generation finite-element finite-volume optimization algorithms approximation fluid-dynamics navier-stokes comsol modeling optimization sparse-matrix matrix condition-number visualization matlab quadrature blas intel-mkl finite-element gpu discontinuous-galerkin mathematica optimization convex-optimization algorithms reference-request matlab statistics finite-element numerical-analysis petsc molecular-dynamics machine-learning statistics visualization open-source statistics image-processing visualization python petsc finite-element fluid-dynamics stability navier-stokes incompressible

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Les GPU actuellement disponibles prennent-ils en charge l'arithmétique à virgule flottante double précision?

J'ai exécuté le code de dynamique moléculaire (MD) GROMACS sur un cluster Linux Ubuntu composé de nœuds contenant 24 processeurs Intel Xeon. Mon point d'intérêt particulier se révèle être quelque peu sensible à la précision arithmétique à virgule flottante, j'ai donc dû exécuter GROMACS en double précision plutôt qu'en simple …

17 hpc floating-point molecular-dynamics gpu

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Quels sont les avantages et les inconvénients des algorithmes de décomposition de particules et de parallélisation de décomposition de domaine?

J'exécute des simulations de dynamique moléculaire (MD) en utilisant plusieurs progiciels, comme Gromacs et DL_POLY. Gromacs prend désormais en charge les algorithmes de décomposition des particules et de décomposition de domaine. Par défaut, les simulations Gromacs utilisent la décomposition de domaine, bien que pendant de nombreuses années, jusqu'à récemment, la …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

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Complexité des simulations MD

Je suis nouveau dans les simulations de dynamique moléculaire (MD). Quelle est la complexité d'une simulation de dynamique moléculaire en termes de temps de simulation? En d'autres termes, si je veux augmenter le temps simulé de 10 nanosecondes à 20 nanosecondes, à quoi puis-je m'attendre en termes d'augmentation du temps …

14 molecular-dynamics complexity

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Pourquoi l'intégration de saute-mouton n'est-elle pas symplectique et RK4, si ce dernier est plus précis?

Dans un système où l'énergie devrait théoriquement être conservée, la simulation la plus précise permettrait de conserver l'énergie (tout en donnant des positions, des vitesses, etc. précises). Le RK4 est plus précis que le saute-mouton, mais le saute-mouton économise l'énergie et pas le RK4. Pourquoi est-ce?

13 computational-physics time-integration molecular-dynamics runge-kutta

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Façons de démarrer ab initio MD à partir de MD classique

J'exécute des simulations de dynamique moléculaire de l'eau à des fins de test. La boîte est assez petite, si vous demandez à un gars qui exécute un MD classique, et relativement grande, si vous demandez à un gars DFT: j'ai 58 molécules d'eau dans des conditions aux limites périodiques. Pour …

9 molecular-dynamics density-functional-theory

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