Science computationnelle

Questions-réponses pour les scientifiques utilisant des ordinateurs pour résoudre des problèmes scientifiques

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Logiciel de bureau avec ressources HPC pour le calcul des numéros de back-end
Notre groupe de travail produit une application de bureau qui simule la performance énergétique du bâtiment. Il s'agit d'une application .NET et lorsque l'utilisateur exécute un grand nombre de simulations, elles peuvent prendre beaucoup de temps. Les simulations sont totalement parallélisables, et nous avons des ressources informatiques HPC très importantes …
17 hpc  partitioning 
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Analyse des données de structure des protéines en C
Mon expérience est en génomique, mais j'ai récemment travaillé sur des problèmes liés à la structure des protéines. J'ai écrit quelques programmes pertinents en C, construisant mon propre analyseur de fichiers PDB à partir de zéro dans le processus. Je ne m'inquiétais pas de faire un analyseur vraiment robuste, je …
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Exemple d'une fonction continue difficile à approximer avec des polynômes
À des fins d'enseignement, j'aurais besoin d'une fonction continue d'une seule variable qui est "difficile" à approximer avec des polynômes, c'est-à-dire qu'il faudrait des puissances très élevées dans une série de puissances pour "bien" s'adapter à cette fonction. J'ai l'intention de montrer à mes élèves les "limites" de ce qui …
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Dois-je louer des ressources informatiques ou acheter mes propres ordinateurs
Puisque cette question est liée au calcul, j'ai décidé de poster ici. Espérons que cela sera considéré comme approprié. Je viens de commencer à exécuter des modèles atmosphériques et océaniques, et je me rends compte que j'ai besoin de plus de cœurs, de mémoire et d'espace disque que mon bureau …
16 hpc 
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Stratégies pour les tests unitaires et le développement piloté par les tests
Je suis un ardent défenseur du développement piloté par les tests en informatique scientifique. Son utilité dans la pratique est tout simplement stupéfiante et atténue vraiment les problèmes classiques que les développeurs de code connaissent. Cependant, il y a des difficultés inhérentes à tester des codes scientifiques qui ne sont …
16 testing 
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Comment déboguez-vous le code numérique, quelle pourrait être la source de cette erreur oscillatoire?
Beaucoup de connaissances peuvent être acquises grâce à l'expérience, je me demandais simplement si quelqu'un avait déjà vu quelque chose de similaire. Le tracé montre la condition initiale (vert) pour l'équation d'advection-diffusion, puis la solution à l'itération 200 (bleu) et à nouveau à l'itération 400 (rouge). La solution de l'équation …
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Disposition des lignes par rapport aux colonnes par colonnes
Dans la programmation de calculs matriciels denses, y a-t-il une raison de choisir une disposition en ligne principale de la disposition sur la disposition en colonne principale? Je sais qu'en fonction de la disposition de la matrice choisie, nous devons écrire le code approprié pour utiliser efficacement les mémoires cache …
16 matrix  fortran 
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grille uniforme vs non uniforme
Il s'agit probablement d'une question de niveau étudiant, mais je ne peux pas vraiment m'arranger. Pourquoi est-il plus précis d'utiliser des grilles non uniformes dans les méthodes numériques? Je pense dans le contexte d'une méthode de différence finie pour l'EDP de la forme . Et supposons que je suis intéressé …
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La science informatique implique-t-elle une programmation?
J'ai lu sur la science informatique sur Wikipédia, mais ma compréhension n'est pas très claire. La science informatique implique-t-elle une programmation? Dans quelle mesure la science informatique est-elle différente de l'informatique _ ____ , où le blanc peut être n'importe quelle discipline (science des matériaux, ingénierie, chimie, biologie, etc.)? (Je …
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