Science computationnelle visualization

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Quels logiciels et quels workflows sont recommandés pour la publication de données scientifiques et de graphiques?

Quel logiciel fournit un bon flux de travail depuis le traçage simple de quelques points de données jusqu'à la création de graphiques de niveau publication avec des styles détaillés, une composition mathématique et une "qualité professionnelle"? Ceci est un peu lié à la question de David ( quels attributs rendent …

40 visualization data-management

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Quels attributs font une figure de «qualité professionnelle»?

J'ai entendu des gens dire que les parcelles produites par ORIGIN ont tendance à paraître polies et «professionnelles», contrairement aux parcelles produites par Mathematica. Cependant, la plupart des programmes de création de tracé sont tout à fait configurables et il va de soi que, avec les bons réglages pour des …

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Visualisation de très gros graphiques de liens

Je recherche un outil pour visualiser de très gros graphes de liens directionnels. J'ai actuellement environ 2 millions de nœuds avec environ 10 millions de bords. J'ai essayé quelques choses différentes, mais la plupart prennent des heures pour même faire des graphiques de nœuds de 100k Ce que j'ai essayé: …

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Algorithmes pour le traçage de fonctions (adaptatives?)

Je recherche des algorithmes pour dessiner des graphiques 2D standard pour des fonctions qui peuvent ou non avoir des singularités. Le but est d'écrire un "Mini-CAS", donc je n'ai pas de connaissance a priori sur les types de fonctions, les utilisateurs veulent faire un graphique. Ce problème est très ancien, …

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Distance euclidienne en octave

Je voudrais savoir s'il existe un moyen rapide de calculer la distance euclidienne de deux vecteurs en octave. Il semble qu'il n'y ait pas de fonction spéciale pour cela, alors devrais-je simplement utiliser la formule avec sqrt?

18 octave discretization nonlinear-equations newton-method visualization fluid-dynamics mesh-generation finite-element finite-volume optimization algorithms approximation fluid-dynamics navier-stokes comsol modeling optimization sparse-matrix matrix condition-number visualization matlab quadrature blas intel-mkl finite-element gpu discontinuous-galerkin mathematica optimization convex-optimization algorithms reference-request matlab statistics finite-element numerical-analysis petsc molecular-dynamics machine-learning statistics visualization open-source statistics image-processing visualization python petsc finite-element fluid-dynamics stability navier-stokes incompressible

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Taille du fichier binaire vs ASCII

J'ai besoin d'écrire quelques données à partir d'un calcul, qui seront lues plus tard par Paraview (fichier .vtu ou vtk). En ce qui concerne la taille du fichier, dois-je opter pour le format ASCII ou le format binaire?

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Visualisation des données discontinues de Galerkin / éléments finis

Je voudrais visualiser les résultats de simulation, obtenus en utilisant l'approche Galerkin discontinue (DG), dans ParaView. De façon similaire aux méthodes à volume fini, le domaine problématique est divisé en cellules en forme de cube ("éléments"). Contrairement aux méthodes de volumes finis, dans chaque cellule, il n'y a pas qu'une …

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Comment calculer la différence numérique entre deux champs stockés dans deux fichiers VTK différents avec la même structure?

Supposons que j'ai deux fichiers VTK, tous deux au format de grille structurée. Les grilles structurées sont les mêmes (elles ont la même liste de points, dans le même ordre), et il y a un champ, appelez-le "Phi", dans chaque fichier VTK. Je veux créer un troisième fichier VTK, toujours …

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Création d'un éditeur / visualiseur moléculaire: programmation orientée objet, structures de données et molécules

Je suis nouveau dans la programmation et j'essaie de résoudre mon premier gros problème et d'écrire mon premier gros programme. J'ai cherché des exemples de code open source pour apprendre, mais jusqu'à présent, je n'ai trouvé que du code dans des langues que je ne comprends pas complètement ou qui …

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Comment décrire mathématiquement le type de représentation «caricature» des protéines?

Les protéines sont généralement représentées sous forme de dessin animé, avec des feuilles β sous forme de flèches et des hélices α sous forme de bobines: Je me demande, y a-t-il quelque part une référence qui décrit la construction de cette représentation? Autrement dit, quels objets mathématiques sont utilisés pour …

12 computational-chemistry visualization

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Visualisation des grilles quadtree et octree

Les grilles dites quadtree et octree sont très intéressantes pour les applications nécessitant un raffinement adaptatif du maillage. Ils sont par exemple utilisés à Gerris et Paramesh . Quelqu'un connaît-il un bon format de fichier pour de telles grilles et un logiciel de visualisation compatible? Voir également cette réponse dans …

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Façons de visualiser les données d'événements à la recherche de problèmes de performances

J'essaie d'optimiser une application MPI avec un modèle de communication hautement asynchrone. Chaque rang a une liste de choses à calculer et envoie des messages si nécessaire si les entrées ou les sorties résident sur un rang différent. De plus, chaque rang est fileté (actuellement avec un fil de communication …

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Logiciel de visualisation de champ tensoriel de second ordre

Y a-t-il un aperçu disponible sur le logiciel de visualisation du tenseur? Ma préférence personnelle est: Un logiciel gratuit, bien documenté et qui propose des techniques de visualisation pour différents champs tenseurs physiques de second ordre (ou d'ordre supérieur). Quelques modules qui m'intéresseraient Hyperstreamlines ( méthode d'intégration de vecteurs propres …

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Étant donné des valeurs sur un maillage, quel algorithme puis-je utiliser pour construire efficacement des contours d'ensemble de niveaux?

J'ai un maillage, des faces , des arêtes E et des sommets V , et j'ai une liste de contours de niveaux prédéfinis.FFFEEEVVV Quel algorithme puis-je utiliser pour construire les contours de la manière la plus efficace? Un tracé du contour est illustré ci-dessus. Les lignes de même couleur ont …

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