Questions marquées «jags»

"JAGS est juste un autre échantillonneur de Gibbs. Il s'agit d'un programme d'analyse de modèles hiérarchiques bayésiens utilisant la simulation Markov Chain Monte Carlo (MCMC) pas tout à fait différente de BUGS." (http://mcmc-jags.sourceforge.net/)

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OpenBugs contre JAGS
Je suis sur le point d'essayer un environnement de type BUGS pour estimer les modèles bayésiens. Y at-il des avantages importants à considérer dans le choix entre OpenBugs ou JAGS? L'un est-il susceptible de remplacer l'autre dans un avenir prévisible? Je vais utiliser le sampler choisi avec Gibbs avec R. …
41 r  software  bugs  jags  gibbs 
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Quelles distributions antérieures pourraient / devraient être utilisées pour la variance dans un modèle bayésien hiérarchique lorsque la variance moyenne présente un intérêt?
Dans son article largement cité Prior distributions for variance parameters in hierarchical models (916 citation à ce jour sur Google Scholar) Gelman propose que de bonnes distributions a priori non informatives pour la variance dans un modèle bayésien hiérarchique soient la distribution uniforme et la distribution demi-t. Si je comprends …
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Paramètres sans priorités définies dans Stan
Je viens de commencer à apprendre à utiliser Stan et rstan. À moins que je ne sois toujours confus sur le fonctionnement de JAGS / BUGS, je pensais que vous deviez toujours définir une distribution préalable d'une sorte pour chaque paramètre du modèle à partir duquel tirer. Il semble que …
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MCMC convergeant vers une valeur unique?
J'essaie d'adapter un modèle hiérarchique à l'aide de jags et du package rjags. Ma variable de résultat est y, qui est une séquence d'essais bernoulli. J'ai 38 sujets humains qui se produisent sous deux catégories: P et M. D'après mon analyse, chaque locuteur a une probabilité de succès dans la …
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Comment générer des prédictions avec rjags?
J'ai utilisé rjags pour exécuter MCMC sur un modèle, spécifié dans le langage JAGS. Existe-t-il un bon moyen d'extraire ce modèle et d'effectuer des prédictions avec lui (en utilisant les distributions postérieures de mes paramètres)? Je peux re-spécifier le modèle en R et brancher les modes de mes paramètres postérieurs; …
12 r  jags 
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Comment des programmes comme BUGS / JAGS déterminent-ils automatiquement les distributions conditionnelles pour l'échantillonnage de Gibbs?
Il semble que les conditions complètes soient souvent assez difficiles à dériver, mais des programmes comme JAGS et BUGS les dérivent automatiquement. Quelqu'un peut-il expliquer comment il génère algorithmiquement des conditions complètes pour toute spécification de modèle arbitraire?
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Modèles hiérarchiques pour les comparaisons multiples - contexte à résultats multiples
Je viens de (re) lire pourquoi nous n'avons généralement pas à nous soucier des comparaisons multiples . En particulier, la section «Résultats multiples et autres défis» mentionne l'utilisation d'un modèle hiérarchique pour les situations où il existe plusieurs mesures connexes de la même personne / unité à différents moments / …
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Censure / troncature dans JAGS
J'ai une question sur la façon de régler un problème de censure dans JAGS. J'observe un mélange bivarié normal où les valeurs X ont une erreur de mesure. Je voudrais modéliser les véritables «moyens» sous-jacents des valeurs censurées observées. ⌈ xt r u e+ ϵ ⌉ = xo b s …
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