Science computationnelle hpc

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Dans mon programme de doctorat en sciences informatiques, nous travaillons presque exclusivement en C ++ et en Fortran. Il semble que certains professeurs préfèrent l'un à l'autre. Je me demande lequel est 'meilleur' ou si l'un est meilleur que l'autre dans certaines circonstances.

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Est-ce une bonne idée d'utiliser le vecteur <vecteur <double >> pour former une classe de matrice pour du code de calcul scientifique hautes performances?

Est-ce une bonne idée vector<vector<double>>(en utilisant std) de former une classe de matrice pour du code de calcul scientifique haute performance? Si la réponse est non. Pourquoi? Merci

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Dans quels paradigmes de programmation devrais-je investir si je souhaite que mon code soit exécuté sur des machines petascale à l'avenir?

Un sondage parmi les 500 plus grands spéculateurs montre clairement que l’industrie tend à augmenter de manière exponentielle le nombre de cœurs transformés . Les plus grands superordinateurs utilisent tous MPI pour la communication entre les nœuds, bien qu'il ne semble pas y avoir de tendance claire pour le parallélisme …

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CUDA vs OpenCL à partir de fin 2013

Comment CUDA et OpenCL se comparent-ils fin 2013 du point de vue d'un programmeur? Mon groupe pense à utiliser l’informatique GPU. Serions-nous nous limiter de manière significative en choisissant un matériel qui ne supporte que OpenCL mais pas CUDA? Pour être un peu plus précis, les hypothèses suivantes sont-elles correctes? …

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Quand est-il moins cher de créer un cluster dans le cloud que d'en créer un dans mon laboratoire pour des simulations MD?

Une Amazon EC2 Compute les coûts de cluster environ $ 800- $ 1000 (selon le cycle de service) par cœur de processeur physique au cours de 3 ans. Lors de notre dernier cycle d'acquisition de matériel, mon laboratoire a récupéré 48 cœurs de matériel très similaire à celui des clusters …

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L'avenir d'OpenCL?

Le paradigme de programmation OpenCL promet d'être un standard ouvert sans redevance pour l'informatique hétérogène. Faut-il investir notre temps dans le développement de logiciels basés sur OpenCL? Avantages / inconvénients?

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Intel Fortran Compiler: conseils sur l'optimisation lors de la compilation

Je vais commencer par mon expérience personnelle dans notre laboratoire. Dans les ifort 9 et 10 jours, nous avions l'habitude d'être assez agressifs avec les optimisations, en compilant avec -O3 et des drapeaux spécifiques au processeur (-xW -xSSE4.2 par exemple). Mais à partir d'ifort 11, nous avons commencé à remarquer: …

21 performance hpc compiling fortran

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Langage de développement de logiciels de calcul scientifique parallèle?

Je souhaite développer un logiciel de calcul scientifique parallèle à partir de zéro. Je veux quelques réflexions sur quelle langue commencer. Le programme consiste à lire / écrire des données dans des fichiers txt et à effectuer des calculs lourds en parallèle, avec de nombreuses factorisations LU et l'utilisation de …

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Les GPU actuellement disponibles prennent-ils en charge l'arithmétique à virgule flottante double précision?

J'ai exécuté le code de dynamique moléculaire (MD) GROMACS sur un cluster Linux Ubuntu composé de nœuds contenant 24 processeurs Intel Xeon. Mon point d'intérêt particulier se révèle être quelque peu sensible à la précision arithmétique à virgule flottante, j'ai donc dû exécuter GROMACS en double précision plutôt qu'en simple …

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Diagrammes parallèles de mise à l'échelle / efficacité log-log

Une grande partie de mon propre travail consiste à améliorer la mise à l'échelle des algorithmes, et l'une des façons préférées de montrer la mise à l'échelle parallèle et / ou l'efficacité parallèle est de tracer les performances d'un algorithme / code sur le nombre de cœurs, par exemple où …

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Etat du Mac OS en calcul scientifique et HPC

À l'aube d'OS X, il semblait y avoir beaucoup de brouhaha, du moins dans le monde Mac (j'étais loin d'être du calcul scientifique à l'époque) à propos du Mac OS en tant que plate-forme pour le calcul scientifique et les applications HPC. XGrid est sorti de la boîte, Virginia Tech …

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Logiciel de bureau avec ressources HPC pour le calcul des numéros de back-end

Notre groupe de travail produit une application de bureau qui simule la performance énergétique du bâtiment. Il s'agit d'une application .NET et lorsque l'utilisateur exécute un grand nombre de simulations, elles peuvent prendre beaucoup de temps. Les simulations sont totalement parallélisables, et nous avons des ressources informatiques HPC très importantes …

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Dois-je louer des ressources informatiques ou acheter mes propres ordinateurs

Puisque cette question est liée au calcul, j'ai décidé de poster ici. Espérons que cela sera considéré comme approprié. Je viens de commencer à exécuter des modèles atmosphériques et océaniques, et je me rends compte que j'ai besoin de plus de cœurs, de mémoire et d'espace disque que mon bureau …

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Boost :: mpi ou C MPI pour des applications scientifiques hautes performances?

La chose que je n'aime pas le plus à propos de MPI concerne les types de données (c'est-à-dire les cartes / masques de données) car ils ne correspondent pas très bien au C ++ orienté objet. boost::mpine prend en charge que MPI 1.1, cependant, à partir de leur site Web: …

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Profilage de code CFD avec Callgrind

J'utilise Valgrind + Callgrind pour profiler un solveur que j'ai écrit. Comme l'indique le manuel de l'utilisateur de Valgrind, j'ai compilé mon code avec les options de débogage du compilateur: "Sans informations de débogage, les meilleurs outils Valgrind seront capables de deviner à quelle fonction appartient un morceau de code …

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