Science computationnelle python

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Création d'un éditeur / visualiseur moléculaire: programmation orientée objet, structures de données et molécules

Je suis nouveau dans la programmation et j'essaie de résoudre mon premier gros problème et d'écrire mon premier gros programme. J'ai cherché des exemples de code open source pour apprendre, mais jusqu'à présent, je n'ai trouvé que du code dans des langues que je ne comprends pas complètement ou qui …

12 computational-chemistry python visualization

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résolution des ODE couplés avec des contraintes de valeur initiale et de valeur finale

L'essence de ma question est la suivante: j'ai un système de deux ODE. L'un a une contrainte de valeur initiale et l'autre une contrainte de valeur finale. Cela peut être considéré comme un système unique avec une contrainte de valeur initiale sur certaines variables et une contrainte de valeur finale …

12 python ode boundary-conditions

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Structures de données pour le code de volume fini: tableaux vs classes

Je dois écrire un code de volume fini pour la magnétohydrodynamique (MHD). J'ai déjà écrit du code numérique mais pas à cette échelle. Je voulais juste demander qui serait un bon choix, en utilisant une structure de données (approche orientée objet) avec des classes ou en utilisant simplement plusieurs tableaux …

11 python finite-volume data-structures

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Maillage de données de surface 3D en python

J'ai un ensemble de données de points en 3 dimensions pour lesquels je voudrais construire un maillage, en utilisant python. Tous les logiciels que j'ai vus exigent que vous fournissiez les bords. Existe-t-il un programme en python qui prend en entrée un ensemble de points en 3D et sort un …

11 python mesh-generation

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Équation de Poisson: Imposer le gradient complet comme condition aux limites via les multiplicateurs de Lagrange

J'ai un problème physique régi par l'équation de Poisson en deux dimensions J'ai des mesures des deux composantes du gradient ∂ u / ∂ x et ∂ u / ∂ y le long d'une partie de la frontière, Γ m , je voudrais donc imposer ∂ u- ∇2u = f( …

11 finite-element python fenics

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CVXOPT VS. OpenOpt

CVXOPT: http://abel.ee.ucla.edu/cvxopt/index.html OpenOpt: http://openopt.org/Welcome Quelle est la relation entre eux? Quels sont leurs avantages / inconvénients, respectivement? BTW, existe-t-il une autre bibliothèque d'optimisation convexe à usage général de haute qualité pour Python / C ++ à noter?

11 python convex-optimization

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Guides sur Python pour la programmation parallèle en mémoire partagée

J'ai de l'expérience dans le codage d'OpenMP pour les machines à mémoire partagée (en C et FORTRAN) pour effectuer des tâches simples comme l'ajout de matrice, la multiplication, etc. (Juste pour voir comment il est en concurrence avec LAPACK). Je connais suffisamment OpenMP pour effectuer des tâches simples sans avoir …

11 parallel-computing python

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Algorithmes de détection de communauté pour les graphes bipartites?

Existe-t-il des algorithmes de détection de communauté pour les graphes bipartites (réseaux à 2 modes) implémentés dans igraph, networkX, R ou Python etc.? En particulier, existe-t-il une telle mise en œuvre dans laquelle on pourrait restreindre la détection des communautés uniquement sur l'un des deux modes?

11 python graph-theory

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Efficacité de l'utilisation de petsc4py vs c / c ++ / fortran

Combien est plus lent petsc4py vs c / c ++ / fortran? Je me rends compte que cela dépendra considérablement du code exécuté, mais qu'en est-il de quelque chose de simple comme un produit matriciel-vecteur?

11 petsc python

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Quels sont les meilleurs packages / interfaces Python pour les solveurs directs clairsemés?

Veuillez lister le paquet Python (petsc4py, etc ...) et les solveurs directs clairsemés qu'il prend en charge. Une réponse (wiki communautaire) par paquet, s'il vous plaît.

11 python linear-solver sparse-matrix

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Runge-Kutta et réutilisation des points de données

J'essaie d'implémenter la méthode Runge-Kutta de quatrième ordre pour résoudre un ODE de premier ordre en Python ie . Je comprends comment fonctionne la méthode, mais j'essaie d'écrire un algorithme efficace qui minimise le nombre de fois oùf(x,y)est calculé car cela coûte assez cher. On m'a dit qu'il était possible …

11 ode python explicit-methods

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Limitations de Pandas et ses alternatives en Python

J'ai lu quelque part que Pandas a été développé pour la première fois pour le monde financier, du moins pas spécialement pour les sciences naturelles (physique, biologie, etc.). Je viens de commencer à utiliser Pandas et j'ai déjà rencontré deux problèmes que je ne pouvais pas résoudre sans utiliser d'autres …

11 python data-analysis data-management

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Vecteurs propres d'un petit ajustement de norme

J'ai un ensemble de données qui change lentement, et je dois garder une trace des vecteurs propres / valeurs propres de sa matrice de covariance. J'utilise scipy.linalg.eigh, mais c'est trop cher, et cela n'utilise pas le fait que j'ai déjà une décomposition qui n'est que légèrement incorrecte. Quelqu'un peut-il suggérer …

10 linear-algebra optimization python eigenvalues

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Test d'intégrateur symplectique de 3e ordre vs 4e ordre avec un résultat étrange

Dans ma réponse à une question sur MSE concernant une simulation physique hamiltonienne 2D, j'ai suggéré d'utiliser un intégrateur symplectique d' ordre supérieur . Ensuite, j'ai pensé que ce pourrait être une bonne idée de démontrer les effets de différents pas de temps sur la précision globale des méthodes avec …

10 python time-integration

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Implémentations efficaces en mémoire des décompositions partielles de valeurs singulières (SVD)

Pour la réduction du modèle, je veux calculer les vecteurs singuliers de gauche associés aux - disons 20 - plus grandes valeurs singulières d'une matrice , où N ≈ 10 6 et k ≈ 10 3 . Malheureusement, ma matrice A sera dense sans aucune structure.A∈RN,kA∈RN,kA \in \mathbb R^{N,k}N≈106N≈106N\approx 10^6k≈103k≈103k\approx …

10 linear-algebra python reference-request numpy svd

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