Certains problèmes dans le domaine de la biologie computationnelle semblent convenir à des applications pratiques qui ne sont pas artificielles - ou du moins pas aussi artificielles que les problèmes mentionnés par Jukka Suomela.
Par exemple, les gens mentionnent souvent les travaux de F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters C. Symons, Kernelization Algorithms for the Vertex Cover Problem: Theory and Experiments , Proceedings of the 6th Atelier sur l'ingénierie algorithmique et les expériences (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Mathématiques appliquées 115, 2004.
Comme le déclarent les auteurs, "L'une des applications auxquelles nous avons appliqué nos méthodes consiste à trouver des arbres phylogénétiques basés sur des informations sur le domaine des protéines, ..." (section 8 de l'article ci-dessus).
Un sous-ensemble des auteurs a des articles similaires sur ce sujet, voir, par exemple, Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag et Christopher T. Symons, Scalable Parallel Algorithms for FPT Problems , Algorithmica, Volume 45, Number 3 , 269-284.
Je ne sais pas si les instances utilisées dans les expériences étaient des instances réelles ou artificielles, mais j'espère que les deux références vous donneront un bon point de départ.