Unix & Linux bioinformatics

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Comment fusionner deux fichiers en fonction de la correspondance de deux colonnes?

J'ai file1 aime: 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 Et un fichier2: 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 Et voudrait un fichier3 tel que: 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 …

33 text-processing awk join bioinformatics

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Exécution d'une commande sur de nombreux fichiers

J'ai un dossier avec de nombreux fichiers (xyz1, xyz2, jusqu'à xyz5025) et j'ai besoin d'exécuter un script sur chacun d'eux, obtenant xyz1.faa, xyz2.faa, etc. en tant que sorties. La commande pour un seul fichier est: ./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11 Existe-t-il un moyen de le faire automatiquement? Peut-être un combo …

19 shell-script text-processing files scripting bioinformatics

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Meilleure distribution Linux pour le calcul scientifique? [fermé]

Dans l'état actuel des choses, cette question ne convient pas à notre format de questions / réponses. Nous nous attendons à ce que les réponses soient étayées par des faits, des références ou une expertise, mais cette question suscitera probablement un débat, des arguments, des sondages ou une discussion approfondie. …

19 linux distribution-choice bioinformatics

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Comment compter le nombre de caractères dans une ligne, sauf un caractère spécifique?

Ceci est un fichier partiel N W N N N N N N N N N N C N N N N N N N N N N A N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N …

9 text-processing bioinformatics

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Suppression de lignes contenant NA dans chaque colonne

J'ai un fichier délimité par des tabulations qui ressemble à ceci: gene v1 v2 v3 v4 g1 NA NA NA NA g2 NA NA 2 3 g3 NA NA NA NA g4 1 2 3 2 Le nombre de champs dans chaque ligne est fixe et identique. Je veux supprimer …

8 text-processing awk perl bioinformatics

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