J'ai un dossier avec de nombreux fichiers (xyz1, xyz2, jusqu'à xyz5025) et j'ai besoin d'exécuter un script sur chacun d'eux, obtenant xyz1.faa, xyz2.faa, etc. en tant que sorties.
La commande pour un seul fichier est:
./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11Existe-t-il un moyen de le faire automatiquement? Peut-être un combo à faire?
Réponses:
for file in xyz*
do
./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11
doneIl s'agit d'une simple forboucle qui itérera sur chaque fichier commençant par xyzdans le répertoire en cours et appellera le ./transeqprogramme avec le nom de fichier comme premier argument, le nom de fichier suivi de ".faa" comme deuxième argument, suivi de "-table 11" .
"$file".faaest légèrement plus facile à taper dans le cadre d'un one-liner interactif et sûr car .faail ne contient aucun métacaractère shell à citer.
xyz*glob récupère également les fichiers .faa. Pour bash, exécutez shopt -s extglob( référence ), puis utilisez for file in xyz!(*.faa) ...pour exclure les fichiers .faa d'être envoyés via la boucle.
Si vous installez GNU Parallel, vous pouvez le faire en parallèle comme ceci:
parallel ./transeq {} {}.faa -table 11 ::: xyz*Si votre programme est gourmand en CPU, il devrait accélérer un peu.
Vous pouvez faire quelque chose comme ça sur une bashligne de commande:
printf '%s\n' {1..5025} | xargs -l -I {} -t ./transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11Nous générons les entiers de 1 à 5025, un / ligne, puis {}les alimentons un par un aux xargs, qui encapsule l'entier dans puis le transplante dans la ligne de commande ./transeq de manière appropriée.
Si vous ne disposez pas de la fonction d'expansion d'accolade, {n..m}vous pouvez invoquer l' sequtilitaire pour générer ces chiffres.
Ou, vous pouvez toujours émuler la génération numérique via:
yes | sed -n =\;5025q | xargs ...for i in {1..5025}; do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; doneest beaucoup plus facile à penser et à taper. Si vous souhaitez qu'il imprime des commandes avant de les exécuter, utilisez set -x.
for i in {1..5025}pour obtenir exactement le même résultat que le vôtre. Vous pouvez également écrire for ((i=1 ; i<=5025 ; i++)); do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; doneen bash, mais j'utilise généralement la {a..b}syntaxe de la plage car elle est plus rapide à taper.
En supposant que vous avez plus d'un cœur et que chaque invocation puisse s'exécuter indépendamment des autres, vous obtiendrez une accélération considérable avec des exécutions parallèles.
Un moyen relativement simple de le faire est via le -Pparamètre de xargs- par exemple, si vous avez 4 cœurs:
echo xyz{1..5025} | \
xargs -n 1 -P 4 -I{} /path/to/transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11Le -n 1dit xargsde ne choisir qu'un seul argument de la liste pour chaque invocation (par défaut, il passerait beaucoup) , et le -P 4dit de générer 4 processus en même temps - quand on meurt, un nouveau est généré.
À mon humble avis, vous n'avez pas besoin d'installer parallèle GNU pour ce cas simple - xargssuffit.
for file in xyz*; do ./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11; done. Je tape ce genre de chose tout le temps. Et si vous voulez vérifier que les noms de fichiers, etc. sont étendus comme vous le souhaitez, mettez simplement unechodroit aprèsdola première fois, puis revenez dans votre historique de shell et supprimez-le une deuxième fois.