Nuage de points avec contour / superposition de chaleur

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J'ai vu ce complot dans le supplément d'un article récent et j'aimerais pouvoir le reproduire en utilisant R. C'est un nuage de points, mais pour corriger le surplotage, il y a des lignes de contour qui sont "à chaud" de couleur bleu à rouge correspondant à la surplacer la densité. Comment pourrais-je faire ça?

entrez la description de l'image ici

r data-visualization scatterplot

— Stephen Turner
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Cette question StackOverflow montre quelques options de ggplot2 pour ce type de tracé, y compris le nuage de points + points.

— joran

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Voici mon point de vue, en utilisant les fonctions de base uniquement pour dessiner des trucs:

library(MASS)  # in case it is not already loaded 
set.seed(101)
n <- 1000
X <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))

## some pretty colors
library(RColorBrewer)
k <- 11
my.cols <- rev(brewer.pal(k, "RdYlBu"))

## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z <- kde2d(X[,1], X[,2], n=50)

plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE)
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), lwd=2)
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],2)), bty="n")

entrez la description de l'image ici

Pour un rendu plus sophistiqué, vous voudrez peut-être jeter un œil à ggplot2 et stat_density2d(). Une autre fonction que j'aime est smoothScatter():

smoothScatter(X, nrpoints=.3*n, colramp=colorRampPalette(my.cols), pch=19, cex=.8)

entrez la description de l'image ici

— chl
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Ce serait bien si l'on pouvait contrôler le tracé de contour pour inclure les quantiles / centiles / déciles spécifiés (ou ce que vous avez).

— Roman Luštrik

Awsesome, je cherchais un smth comme ça depuis longtemps, un tracé de bonne qualité

— WAF

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Personne n'a suggéré ggplot2 pour cela ??

library(MASS)
library(ggplot2)
n <- 1000
x <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))
df = data.frame(x); colnames(df) = c("x","y")

commonTheme = list(labs(color="Density",fill="Density",
                        x="RNA-seq Expression",
                        y="Microarray Expression"),
                   theme_bw(),
                   theme(legend.position=c(0,1),
                         legend.justification=c(0,1)))

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  geom_density2d(aes(colour=..level..)) + 
  scale_colour_gradient(low="green",high="red") + 
  geom_point() + commonTheme

Ce qui produit ce qui suit:

Cependant, d'autres choses peuvent être faites aussi très facilement, comme les suivantes:

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  stat_density2d(aes(fill=..level..,alpha=..level..),geom='polygon',colour='black') + 
  scale_fill_continuous(low="green",high="red") +
  geom_smooth(method=lm,linetype=2,colour="red",se=F) + 
  guides(alpha="none") +
  geom_point() + commonTheme

Ce qui produit ce qui suit:

— ADP
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