Science computationnelle computational-chemistry

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De bons exemples de «deux, c'est facile, trois, c'est difficile» en sciences informatiques

J'ai récemment rencontré une formulation du méta-phénomène : " deux c'est facile, trois c'est dur " (formulé de cette façon par Federico Poloni), qui peut être décrit comme suit: Lorsqu'un certain problème est formulé pour deux entités, il est relativement facile à résoudre; cependant, un algorithme pour une formulation à …

29 linear-algebra computational-physics computational-geometry computational-chemistry

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Comment détermine-t-on le groupe ponctuel d'une molécule?

Vous avez enfin réussi à découvrir comment les atomes sont disposés spatialement sur votre entité moléculaire nouvellement découverte. Par exemple, grâce à des moyens spectroscopiques, vous êtes maintenant en possession d'un tas de coordonnées atomiques, de types d'atomes, de longueurs de liaisons, de types de liaisons et ainsi de suite …

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La science informatique implique-t-elle une programmation?

J'ai lu sur la science informatique sur Wikipédia, mais ma compréhension n'est pas très claire. La science informatique implique-t-elle une programmation? Dans quelle mesure la science informatique est-elle différente de l'informatique _ ____ , où le blanc peut être n'importe quelle discipline (science des matériaux, ingénierie, chimie, biologie, etc.)? (Je …

16 computational-chemistry education

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Comment B3LYP est-il implémenté dans Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro,… etc?

Plus précisément, je souhaite étendre le travail impliquant B3LYP commencé avec Gaussian 03 mais poursuivi avec GAMESS-US. Les énergies fournies par les méthodes B3LYP par défaut ne sont pas les mêmes. Il y a une discussion à ce sujet dans le manuel GAMESS-US (section Informations complémentaires): Notez que B3LYP dans …

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Qu'est-ce que la correction du contrepoids?

Qu'est-ce que la correction du contrepoids exactement? Pouvez-vous expliquer quand cela est nécessaire et pourquoi?

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Hartree-Fock est-il toujours une bonne approximation pour les géométries moléculaires et aucune rupture de liaison?

Y a-t-il des cas où Hartree-Fock n'est pas une bonne approximation pour calculer la géométrie d'équilibre lorsque la molécule n'est pas en rupture de liaison?

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Création d'un éditeur / visualiseur moléculaire: programmation orientée objet, structures de données et molécules

Je suis nouveau dans la programmation et j'essaie de résoudre mon premier gros problème et d'écrire mon premier gros programme. J'ai cherché des exemples de code open source pour apprendre, mais jusqu'à présent, je n'ai trouvé que du code dans des langues que je ne comprends pas complètement ou qui …

12 computational-chemistry python visualization

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Comment décrire mathématiquement le type de représentation «caricature» des protéines?

Les protéines sont généralement représentées sous forme de dessin animé, avec des feuilles β sous forme de flèches et des hélices α sous forme de bobines: Je me demande, y a-t-il quelque part une référence qui décrit la construction de cette représentation? Autrement dit, quels objets mathématiques sont utilisés pour …

12 computational-chemistry visualization

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Énumération des graphiques issus des pavages de Delaunay en 3D

Existe-t-il un algorithme qui énumère les graphiques qui correspondent à une tessellation Delaunay de points en 3D? Dans l'affirmative, existe-t-il une paramétrisation efficace des géométries correspondant à tout "graphe de Delaunay"? Je cherche à énumérer systématiquement toutes les géométries stables de molécules d'une composition spécifiée sans aucune connaissance a priori …

12 algorithms computational-chemistry delaunay-triangulation

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bon logiciel (gratuit) pour produire des images publiables?

Je produis actuellement des images 1d et 2d en utilisant Matlab pour comparer la précision avec un modèle donné. Je dois comparer mes méthodes avec le modèle .wfn gaussien standard et je vais le faire en analysant la densité d'une molécule ainsi que celle du laplacien. Je suis intéressé à …

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Quels outils open source sont disponibles pour visualiser les vibrations moléculaires?

Je voudrais visualiser une vibration moléculaire qui n'est pas un mode normal. Je voudrais présenter une représentation vectorielle statique du mouvement et je voudrais une certaine flexibilité dans le style vectoriel (taille, couleur, etc.). Je suis également intéressé à produire une vidéo de la vibration. Quelles sont les bonnes ressources …

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Pourquoi la résolution itérative des équations de Hartree-Fock entraîne-t-elle une convergence?

Dans la méthode de champ auto-cohérent de Hartree-Fock pour résoudre l'équation électronique de Schroedinger indépendante du temps, nous cherchons à minimiser l'énergie d'état fondamental, , d'un système d'électrons dans un champ externe par rapport au choix des orbitales de spin, { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Nous faisons cela en résolvant …

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Qu'est-ce que cela signifie pour une base définie comme «cohérente par rapport à la corrélation»?

Certains ensembles de bases seraient «cohérents par rapport à la corrélation». Qu'est-ce que cela signifie concrètement?

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