Peter Shor a montré que deux des problèmes NP-intermédiaires les plus importants, l'affacturage et le problème de log discret, sont en BQP. En revanche, le meilleur algorithme quantique connu pour SAT (recherche de Grover) ne produit qu'une amélioration quadratique par rapport à l'algorithme classique, laissant entendre que les problèmes NP-complets sont toujours insolubles sur les ordinateurs quantiques. Comme le soulignent Arora et Barak, il y a aussi un problème dans BQP qui n'est pas connu pour être dans NP, conduisant à la conjecture que les deux classes sont incomparables.
Y a-t-il des connaissances / conjectures sur la raison pour laquelle ces problèmes NP-intermédiaires sont dans BQP, mais pourquoi SAT (à notre connaissance) ne l'est pas? D'autres problèmes NP-intermédiaires suivent-ils cette tendance? En particulier, l'isomorphisme des graphes est-il dans BQP? (celui-ci ne fonctionne pas bien sur Google).