Résumé: ne jetez pas l'eau de trempage.
Premièrement, pour résoudre le problème de la sécurité sanitaire des aliments, la phytohémagglutinine est progressivement détruite par des températures supérieures à 175F environ. La FDA a référencé des études (voir pp. 254-256) qui montrent que 10 minutes d'ébullition détruiront complètement l'une de ces toxines dans les haricots, bien qu'elles recommandent 30 minutes à température d'ébullition pour être du bon côté. Oui, certaines études ont recommandé de jeter l'eau de trempage pour réduire les quantités de toxines avant la cuisson, mais il n'est pas nécessaire tant que vous êtes certain d'avoir vos haricots à ébullition ou presque pendant au moins une partie du temps de cuisson.
Aussi, juste pour clarifier votre déclaration sur les températures proches de 170F augmentant la toxine - il est vrai que les haricots insuffisamment cuits qui n'atteignent jamais des températures plus élevées libéreront plus de toxine que les haricots crus. Cependant, je ne vois jusqu'à présent rien dans la littérature qui suggère un problème si les grains passent du temps à cette température tant qu'ils passent au moins 10 minutes (et de préférence 30 minutes) près de l'ébullition pendant le mijotage. (Tant que vos haricots mijotent activement pendant une bonne partie du temps de cuisson, la toxine devrait se dégrader: le vrai problème vient des mijoteuses qui n'atteignent jamais l'ébullition ou même un mijotage décent et peuvent maintenir une température constante qui ne monte jamais au-dessus 180F pour détruire la toxine.)
Enfin, je dois également noter que vous avez posé des questions sur les haricots noirs , et la préoccupation avec la phytohémagglutinine est plus grande pour les haricots rouges et quelques autres haricots apparentés où la concentration est particulièrement élevée. Ainsi, il est parfois recommandé de jeter l'eau de trempage pour ces types de haricots spécifiques . La concentration est considérablement plus faible dans les haricots noirs, et bien qu'il y ait de nombreuses autres lectines dans les haricots noirs à craindre, tant qu'elles sont bien cuites, y compris bouillantes pendant au moins 10 minutes, il n'y a aucune raison de s'inquiéter.
Concernant vos autres questions sur les nutriments, les agents provoquant des flatulences, etc. et l'eau de trempage, je cite Harold McGee (qui est également référencé dans l'un de vos liens utiles) de On Food and Cooking (pp. 486-487):
Une méthode couramment utilisée pour réduire le gaz des haricots consiste à les faire bouillir brièvement dans un excès d'eau, à les laisser reposer pendant une heure, puis à jeter l'eau de trempage et à commencer la cuisson à l'eau fraîche. Cela lixivie la plupart des oligosaccharides solubles dans l'eau - mais il lixivie également des quantités importantes de vitamines, minéraux, sucres simples et pigments enrobés de graines hydrosolubles, c'est-à-dire les nutriments, la saveur, la couleur et les antioxydants. C'est un prix élevé à payer. Une alternative est une cuisson simple et prolongée, qui aide en finissant par décomposer une grande partie des oligosaccharides et des ciments de la paroi cellulaire en sucres simples digestibles.
Conformément aux recommandations de McGee, je ne prends généralement plus la peine de tremper du tout, car plus je fais cuire les haricots, plus je décompose les éléments causant le gaz. (De plus, sauf dans des cas inhabituels, je trouve que le trempage - même à long terme - me fait rarement gagner plus de 30 à 45 minutes de cuisson, et pour les haricots, je vais mijoter quelques heures de toute façon, cela ne fait pas semblent aider beaucoup.) Quoi qu'il en soit, je ne jette jamais l'eau de trempage, car je préfère conserver la saveur et les nutriments.
Certaines personnes trouvent toujours que le trempage pendant une courte période améliorera la texture finale ou empêchera les grains d'éclater ou de se désagréger, etc. Si vous trouvez que cela fait une différence pour vous, faites tremper. Mais à part un lot impair ici ou là, j'ai trouvé que les meilleurs grains texturés que j'ai faits n'ont généralement pas été trempés du tout.
Un autre point mineur est que, même si j'utilise parfois le four pour cuire des haricots, il n'y a aucune raison de ne pas les laisser mijoter sur la cuisinière tant que vous utilisez une casserole lourde. Si vous êtes vraiment préoccupé par les toxines, portez-les à ébullition tôt (alors qu'il y a encore beaucoup de liquide), mais après 10-30 minutes, vous pouvez les réduire à ébullition. À moins que vous ayez tendance à cuire les haricots au point qu'ils éclatent et provoquent un épaississement important du liquide, vous ne devriez pas avoir besoin de les remuer souvent (ou pas du tout) pour éviter de coller.
Vous pouvez ajouter des tomates ou d'autres ingrédients légèrement acides une fois que les haricots sont presque cuits, disons pendant les 30 dernières minutes environ. Vous avez raison de ne pas les ajouter au début, mais les ajouter un peu avant la fin peut permettre aux saveurs de pénétrer davantage les haricots (si vous le souhaitez). De plus, l'ajout de petites quantités d'acide vers la fin renforcera quelque peu les grains et préservera leur structure même si vous les faites trop cuire.
Sinon, je suis d'accord avec pratiquement toutes vos idées, qui semblent bien documentées. Vous trouverez des conseils similaires donnés dans de nombreuses autres questions ici.