J'essaie d'installer le paquet python rpy2avec l'installation de pip sur Ubuntu 16.04:
pip install rpy2==2.2.7mais obtenez un message d'erreur (voir la sortie complète ci-dessous):
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/La même chose se produit avec d'autres packages, comme pip install unrollou utilisant pip2. Je pensais que ce message était le même problème, mais il est résolu en utilisant sudo.
Solutions essayées
J'ai essayé des solutions dans ce poste , comme: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolsou sudo apt-get install python-setuptools, mais en vain.
informations sur python / pip
Quelqu'un a suggéré que je pourrais avoir une installation python / pip bizarre, voici quelques infos:
sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f
/usr/bin/python2.7
/usr/local/bin/pip
/usr/local/bin/pip2
sudo python --version
Python 2.7.12
sudo pip --version
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)
/usr/bin/pip2 --version
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)
ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov 8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip
Sortie d'erreur complète
pip install rpy2 == 2.2.7 Collecte de rpy2 == 2.2.7 Utilisation de rpy2-2.2.7.tar.gz en cache Sortie complète de la commande python setup.py egg_info: exécution de egg_info création de pip-egg-info / rpy2.egg-info écriture pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO écrire des noms de premier niveau dans pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt écriture de dependency_links dans pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt écriture du fichier manifeste 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt' Traceback (dernier appel le plus récent): Fichier "", ligne 1, dans Fichier "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", ligne 462, dans [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],] Fichier "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", ligne 151, dans la configuration dist.run_commands () Fichier "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", ligne 953, dans run_commands self.run_command (cmd) Fichier "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", ligne 972, dans run_command cmd_obj.run () Fichier "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", ligne 280, en cours d'exécution self.find_sources () Fichier "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", ligne 295, dans find_sources mm.run () Fichier "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", ligne 526, en cours d'exécution self.add_defaults () Fichier "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", ligne 562, dans add_defaults sdist.add_defaults (auto) Fichier "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py", ligne 36, dans add_defaults self._add_defaults_ext () Fichier "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py", ligne 119, dans _add_defaults_ext build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext') Fichier "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", ligne 312, dans get_finalized_command cmd_obj.ensure_finalized () Fichier "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", ligne 109, dans assure_finalisé self.finalize_options () Fichier "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", ligne 155, dans finalize_options config + = get_rconfig (r_home, à propos) Fichier "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", ligne 319, dans get_rconfig rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty) Fichier "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", ligne 279, dans from_string + '\ nin string \ n' + string) ValueError: sous-chaîne non valide -fopenmp en chaîne -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm La commande "python setup.py egg_info" a échoué avec le code d'erreur 1 dans / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 / installer pip dérouler Collecting unroll Using cached unroll-0.1.0.tar.gz Complete output from command python setup.py egg_info: Downloading http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz Traceback (most recent call last): File "", line 1, in File "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", line 2, in ez_setup.use_setuptools() File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", line 145, in use_setuptools return _do_download(version, download_base, to_dir, download_delay) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", line 124, in _do_download to_dir, download_delay) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", line 193, in download_setuptools src = urlopen(url) File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 154, in urlopen return opener.open(url, data, timeout) File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 435, in open response = meth(req, response) File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 548, in http_response 'http', request, response, code, msg, hdrs) File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 473, in error return self._call_chain(*args) File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 407, in _call_chain result = func(*args) File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 556, in http_error_default raise HTTPError(req.get_full_url(), code, msg, hdrs, fp) urllib2.HTTPError: HTTP Error 403: SSL is required La commande "python setup.py egg_info" a échoué avec le code d'erreur 1 dans tmp / pip- build-QimGjp / dérouler /
R est-il déjà installé?
—
lapisdecor
Essayez de l'exécuter avec le
—
George Udosen
-Hdrapeau commesudo -H
Désolé mais c'est trop compliqué pour moi d'avoir envie d'aider quelqu'un à le démêler pour le moment. Même avec la générosité. Merci pour vos rappels.
—
David Foerster
Merci @George, mais malheureusement, même si
—
Matifou
sudo -Hcela ne fonctionne pas :-(