Quelle est la meilleure façon d'installer les packages R dans Ubuntu?

J'installe dans R dans ubuntu, mais je suis un peu confus avec les nombreuses options pour installer des packages.

La manière traditionnelle est de les installer, à l'intérieur de R, en faisant install.package(). Ubuntu offre cependant la possibilité d'installer avec apt-get. C'est intéressant car le système d'exploitation gardera les packages à jour. Puisqu'ils n'ont que quelques paquets disponibles, cela créera des problèmes tôt ou tard. Je finirai par installer des packages de la manière traditionnelle, en les faisant installer de différentes manières, et peut-être (?) Cela créera également des problèmes de version.

Quelle est la meilleure façon d'installer et de conserver les packages R dans Ubuntu?

Je pense que les seuls packages R disponibles via les dépôts Ubuntu sont les packages maintenus par l'équipe principale de développement R. Comme avec la plupart des packages, ceux disponibles via aptou synaptique ne sont pas toujours les versions les plus récentes. Heureusement, vous avez la possibilité d'ajouter une source logicielle gérée par CRAN en créant un nouveau fichier /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listcontenant une seule ligne de texte:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(remplacez trusty/par le nom de code de votre distribution; si vous ne le connaissez pas, saisissez-le lsb_release -cdans un terminal). Après cela (et un apt update) votre gestionnaire de paquets sera toujours installer (ou mise à jour) les versions maintenues Cran-de r-base, r-base-coreetc., parce qu'ils auront les numéros de version plus élevés que ceux des sources debian. Voir ici si vous vous aptplaignez que le dépôt n'est pas signé.

Pour tous les autres packages (AKA "packages contribués"), je préfère installer dans R via install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))autant que possible, sauf si je sais pertinemment que la version sur CRAN est ancienne et qu'une version plus récente a les fonctionnalités dont j'ai besoin. Dans de tels cas, vous pouvez installer à partir de GitHub avec devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')ou télécharger une archive et l'installer à partir d'une fenêtre de terminal via R CMD INSTALL name_of_package.tar.gzou dans R via install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Pour être complet, voici les directives officielles du CRAN .

J'installerais habituellement en utilisant apt-get r-cranautant que possible, car cela prend en charge les dépendances et les mises à jour de manière plus propre. Seulement s'il n'est pas disponible, j'utiliserai l'installation à partir de R.

Notez qu'il existe deux référentiels pour les packages R Debian:

1. R officiel: fournit quelques packages. Pour l'inclure, vous devez ajouter le lien vers le référentiel mettant à jour votre fichier source.list . Ceci est documenté sur la page CRAN-ubuntu , puis exécutez apt-get update, puis mettez à niveau

2. PPA: Michael rutter fournit un ppa , cran2deb4ubuntu , qui contient de nombreux autres packages. Pour une documentation, voir la fin de ce blog . Il vous suffit d'exécuter (puis après la mise à jour / mise à niveau):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Veuillez noter que pour R 3.5.0, le nom du référentiel a changé et que les bibliothèques de vues de tâches précompilées par Michael Rutter sont désormais disponibles sur cran2deb4ubuntu_3.5