Les gestionnaires de paquets les plus populaires sont probablement apt-get, aptitude, synaptic et Software Center. Il y en a d'autres (Linux Mint a le sien et certains sont conçus pour KDE), mais ce sont ceux que vous rencontrez le plus souvent.
apt-get est un simple outil de ligne de commande. C'est pratique si vous connaissez le nom exact du paquet que vous voulez installer et ne voulez pas passer du temps à cliquer sur une interface graphique pour l'obtenir.
aptitude est très similaire à apt-get, et j'ai entendu dire qu'il traitait mieux les situations de dépendance insensées. Lequel est vraiment meilleur est discutable.
synaptic est une interface graphique de bas niveau. C'est un bon choix si vous êtes un utilisateur assez expérimenté mais que vous n'êtes pas à l'aise avec les utilitaires de ligne de commande.
Software Center est une interface utilisateur graphique de très haut niveau et conviviale. Le logiciel est bien catégorisé de sorte que, si vous ne savez pas exactement quelle application vous voulez, vous pouvez trouver rapidement ce dont vous avez besoin. Le centre logiciel se distingue également par le fait qu'il est le seul gestionnaire de packages de cette liste à vous permettre d'acheter des applications commerciales.
dpkg est un standard de gestionnaire de paquets de bas niveau et moins utilisé pour la plupart des systèmes basés sur Debian. En réalité, apt-get, aptitude, synaptic et le centre de logiciel Ubuntu ne sont que des interfaces pour dpkg ou apt, qui est en soi une interface pour dpkg.
En réponse à votre question, "quel est le choix recommandé pour la gestion normale des paquets au quotidien", je dirais que Software Center est recommandé pour la plupart des utilisations. Mais à mesure que vous gagnerez en expérience, vous découvrirez que certaines des fonctionnalités des gestionnaires de paquets de niveau inférieur sont utiles.