La question n'est pas de savoir s'il y a fragmentation. Tous les systèmes de fichiers présentent une certaine fragmentation.
La question est de savoir si la fragmentation est suffisante pour affecter les performances.
Sur les systèmes de fichiers Linux, la fragmentation est généralement inférieure à 5%, souvent 1 ou 2%, sauf si le disque est plein à 99%. En cas de disque plein, vous pouvez voir une fragmentation importante, mais dans ce cas, le problème est un disque plein.
$ sudo fsck.ext2 -fn /dev/sda1
e2fsck 1.42 (29-Nov-2011)
Pass 1: Checking inodes, blocks, and sizes
Pass 2: Checking directory structure
Pass 3: Checking directory connectivity
Pass 4: Checking reference counts
Pass 5: Checking group summary information
Ubuntu_Rescue: 291595/1222992 files (**0.2% non-contiguous**), 1927790/4882432 blocks
Alors oui, il y a une fragmentation de 0,2%, mais c'est bien en dessous du seuil de 85% pour affecter les performances.
Voir le blog Pourquoi Linux n'a-t-il pas besoin de défragmenter? .
Sur Windows, il n'est pas rare de voir des taux de fragmentation de 50% ou plus (j'ai vu 200% de plus). Windows a donc besoin d'outils de défragmentation.
Sous Windows, ils conseillent la défragmentation à des seuils d'environ 85%.
Voir:
Donc, en fin de compte, la défragmentation n'est pas un problème assez important sur Linux pour affecter les performances, il n'y a donc pas d'outils de défragmentation importants et vous perdez votre temps à vous en soucier.