La mise à jour automatique de la fonctionnalité Atom n'est pas encore prise en charge pour Ubuntu. Depuis leur référentiel GitHub:
Actuellement, seule une version 64 bits est disponible.
Téléchargez atom-amd64.deb à partir de la page des versions d'Atom. Exécutez sudo dpkg --install atom-amd64.deb sur le paquet téléchargé. Lancez Atom en utilisant la commande atom installée. La version Linux ne se met actuellement pas à jour automatiquement, vous devrez donc répéter ces étapes pour effectuer la mise à niveau vers les versions futures.
J'ai essayé d'utiliser Webupd8 PPA mais cela ne fonctionne pas pour moi.