Réponses:
De la apt-get
page de manuel:
clean : clean efface le référentiel local des fichiers de package récupérés. Il supprime tout sauf le fichier de verrouillage de / var / cache / apt / archives / et / var / cache / apt / archives / partial /. Lorsque APT est utilisé en tant que méthode dselect (1), le nettoyage est exécuté automatiquement. Ceux qui n'utilisent pas dselect voudront probablement exécuter apt-get clean de temps en temps pour libérer de l'espace disque.
autoclean : comme clean, autoclean efface le référentiel local des fichiers de package récupérés. La différence est que cela ne supprime que les fichiers de paquet qui ne peuvent plus être téléchargés et qui sont en grande partie inutiles. Cela permet de conserver un cache sur une longue période sans qu'il ne devienne hors de contrôle. L'option de configuration APT :: Clean-Installed empêchera les packages installés d'être effacés s'ils sont désactivés.
autoremove : est utilisé pour supprimer les packages qui ont été installés automatiquement afin de satisfaire les dépendances de certains packages et qui ne sont plus nécessaires.
Chaque commande a une page de manuel. Si vous voulez savoir quels sont leurs paramètres ou ce que font chacune d’elles, il vous suffit de taper le shell man <command>
Ex.man apt-get
autoclean: supprime toutes les archives stockées dans votre cache pour les packages qui ne peuvent plus être téléchargés (donc les packages qui ne figurent plus dans le référentiel ou qui ont une version plus récente dans le référentiel).
nettoyer: supprime toutes les archives stockées dans votre cache.
autoremove: une toute autre chose, cette option permet à apt de rechercher les paquets installés en tant que dépendance d'un paquet déjà désinstallé et de les supprimer. Ceci est utilisé pour nettoyer les dépendances inutilisées qui restent sur votre système.
Réponse trouvée: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=394952