Réponses:
Pour le moment, il n'y a pas de moyen facile de le faire.
Il existe actuellement un rapport de bogue ouvert concernant ce problème: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=599453
En attendant, je recommanderais de passer à xchat ou irssi, qui sont tous deux d'excellents programmes de chat (xchat est GUI et irssi est CLI), et sont beaucoup moins bogués que l'empathie. (sauf si vous avez envie de tester / déboguer / étendre l'empathie)
Je pourrais vous suggérer de nettoyer la conversation. Il n'empêche pas d'avoir ces messages, mais peut le supprimer manuellement.