Comment installer rgdal sur Ubuntu 12.10?


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Je me bats pour installer la rgdalbibliothèque sur Ubuntu 12.10.

L'installation à partir de R entraîne une erreur:

Erreur: gdal-config introuvable Le script gdal-config distribué avec GDAL est introuvable. Si vous n'avez pas installé les bibliothèques GDAL, vous pouvez télécharger la source depuis http://www.gdal.org/ Si vous avez installé les bibliothèques GDAL, assurez-vous que gdal-config se trouve sur votre chemin. Essayez de taper gdal-config à l'invite du shell et voyez s'il fonctionne. Sinon, utilisez: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' avec les valeurs appropriées pour votre installation.

ERREUR: la configuration a échoué pour le package 'rgdal' * suppression '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Avertissement dans install.packages: l'installation du package 'rgdal' avait une sortie non nulle statut

R-sig-Geo , ces deux questions SE et d'autres sites Web m'ont indiqué les exigences de libgdal1-dev.

Mais quand j'ai essayé

sudo apt-get install libgdal1-dev

Je me retrouve avec un autre message d'erreur

Certains packages n'ont pas pu être installés. Cela peut signifier que vous avez demandé une situation impossible ou si vous utilisez la distribution instable que certains packages requis n'ont pas encore été créés ou retirés de Incoming. Les informations suivantes peuvent aider à résoudre la situation:

Les packages suivants ont des dépendances non satisfaites: libgdal1-dev: dépend: libgdal-dev mais il ne sera pas installé E: impossible de corriger les problèmes, vous avez conservé des packages cassés.

Encore une fois - lorsque j'essaie d'installer libgdal-devune autre erreur de dépendances apparaît

Les packages suivants ont des dépendances non satisfaites: libgdal-dev: Depends: libgeos-dev mais il ne va pas être installé Depends: libspatialite-dev mais il ne va pas être installé

Essayer de nouveau libgeos-devdonne un message:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

et libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

Existe-t-il un moyen d'apprivoiser ces dépendances et de les rgdalexécuter dans Ubuntu?

ma sessionInfo()

R version 2.15.1 (2012-06-22) Plateforme: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits)


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Sur Ubuntu 12.04, l'installation de libgdal-dev et libgdal1-dev a bien fonctionné - c'est peut-être parce que Quantal (12.10) est assez nouveau et que les responsables du paquet n'ont pas encore mis à jour les bonnes versions? ( En fait, pourquoi est - il dit qu'il va installer 3.3.3-2~precise2lorsque vous êtes sur quantal?)
mathematical.coffee

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@ mathématique.coffee Est correct. Je l'ai fait sur QQbeta2 il y a quelques semaines, mais je ne me souviens pas comment. Essayez de définir le référentiel CRAN dans /etc/apt/sources.list sur preciseplutôt que quantal.
Ari B. Friedman

2
Avez-vous regardé si vous pouviez obtenir r-cran-rgdal via le PPA de Michael?
Dirk Eddelbuettel

mathématique.café: Autant être un peu trop tôt alors. Ari: J'ai mis à jour le référentiel CRAN - merci pour le conseil. Dirk: Pardonnez mon ignorance - parlons-nous de launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek

@radek étant donné la réponse de Josh O'Brien ci-dessous pour le 14.04, il peut être utile de modifier votre question pour la rendre plus générale pour les autres versions d'Ubuntu. Je pense qu'il serait utile d'avoir une question canonique pour cela.
amc

Réponses:


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Une réponse plus récente peut être trouvée ici: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html .

Essentiellement, les trois lignes de code suivantes devraient le trier:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Nous avons passé des âges à résoudre ce problème, alors espérons que cette réponse mise à jour sera utile aux autres. Faites-moi savoir si oui!


J'ai eu un problème avec rgdalune fois de plus ... et je suis tombé sur ma propre question ici. Cette fois, votre solution a résolu le problème.
radek

Il est utile. Merci beaucoup d'avoir pris le temps d'enregistrer ces étapes.
Josh O'Brien

1
sudo apt-get install r-cran-rgdal # cette commande le fait également et installe les dépendances automatiquement
RobinLovelace

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Essayez de les exécuter tous ensemble et de spécifier les versions, comme ceci:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

apt-get n'aime pas rétrograder les packages, mais il le fera si vous le spécifiez.


Merci - cela semblait faire l'affaire. Les futures mises à jour entraîneront-elles un conflit avec une telle solution?
radek du

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Ils peuvent probablement causer des problèmes de mise à niveau, oui. Pour empêcher la mise à niveau d'un paquet, exécutez ceci pour chaque paquet:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88

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Ici , en Janvier 2016, sur Ubuntu 14.04.2 (et R 3.2.2), je avais besoin ce qui suit pour obtenir les deux rgdal et complémentaires (et souvent très utile) gdalUtils package installé:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Mise à jour: comme en janvier 2017, la version de libgdal est 1i, donc la deuxième ligne de code devrait se lire:

sudo apt-get -y install libgdal1i

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Ouvrez le terminal en appuyant sur (Ctrl + alt + T) et tapez la commande suivante.

mise à jour sudo apt-get

sudo apt-get install -f

(Il corrigera les dépendances.)

sudo apt-get autoremove

(suppression des packages inutiles)

sudo apt-get clean

(Vider le cache)


Merci. J'ai essayé votre solution (le retrait automatique n'a rien déclenché) - malheureusement, cela n'a pas aidé.
radek

1
Il supprime tout paquet inutile, parfois il devient important de le supprimer lorsque votre système en dispose.
Ketan Patel

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Pour que rgdal s'installe sur Ubuntu 12.04, j'ai dû installer (et maintenir) de nombreux packages spécifiques à la version. Fondamentalement, j'ai essayé chaque package et installé les versions requises des dépendances jusqu'à ce que je puisse revenir à l'objectif d'origine, installer libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
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