Quels sont les outils de bioinformatique et de biologie computationnelle disponibles?

Aujourd'hui, on m'a demandé de rechercher des versions scientifiques d'Ubuntu. Ils recherchent actuellement des outils pour effectuer une analyse de séquence d'ADN, une vérification des protéines, des estimations et de nombreuses tâches liées à la biologie.

Premier:

1. Existe-t-il une version scientifique et bio-orientée d'Ubuntu

2. Existe-t-il des outils pour effectuer des analyses scientifiques comme les points mentionnés ci-dessus.

J'ai fait quelques recherches sur divers systèmes d'exploitation et outils de recherche basés sur Debian, RHEL et Virtal Machine pour la biologie computationnelle et la bioinformatique. Quelques exemples importants sont résumés ci-dessous:

Debian Med : un système d'exploitation Debian particulièrement adapté aux exigences de la pratique médicale et de la recherche biomédicale.

DNALinux : est une machine virtuelle avec un logiciel bioinformatique préinstallé.

Bioknoppix : est une distribution personnalisée de Knoppix Linux Live CD. Il est livré avec des applications ciblées pour le biologiste moléculaire. En plus d'utiliser de la RAM, Bioknoppix ne touche pas l'ordinateur hôte (car c'est un Live-CD), et est idéal pour les démonstrations, les étudiants en biologie moléculaire, les ateliers, etc.

Vigyaan : ("Vigyaan" signifie "Science" en hindi. Mais ce n'est pas moi Linux scientifique trop). Vigyaan est un établi électronique pour la bioinformatique, la biologie computationnelle et la chimie computationnelle. Il a été conçu pour répondre aux besoins des débutants comme des experts. VigyaanCD est un CD Linux en direct contenant tous les logiciels requis pour démarrer l'ordinateur avec un logiciel de modélisation prêt à l'emploi. VigyaanCD v1.0 est basé sur KNOPPIX v3.7.

VLinux : est une distribution et un appareil Linux pour les étudiants et les chercheurs en bioinformatique. Il est basé sur OpenSUSE et est construit à l'aide de Novell's Suse Studio.

BioSLAX : est une nouvelle suite CD / DVD en direct d'outils de bioinformatique qui a été publiée par l'équipe ressource du BioInformatics Center (BIC), National University of Singapore (NUS). Amorçable à partir de n'importe quel PC, ce CD / DVD exécute la saveur SLACKWARE compressée du système d'exploitation LINUX également connu sous le nom de SLAX.

Bio-Linux 6.0 : est un poste de travail bioinformatique complet, puissant, configurable et facile à entretenir. Bio-Linux fournit plus de 500 programmes de bioinformatique sur une base Ubuntu Linux 10.04. Il existe un menu graphique pour les programmes de bioinformatique, ainsi qu'un accès facile au système de documentation bioinformatique Bio-Linux et des exemples de données utiles pour tester les programmes. Vous pouvez également installer des packages Bio-Linux pour gérer les types de données de séquence de nouvelle génération.

Mon opinion en tant que bioinformaticien est de télécharger et d'exécuter n'importe quelle saveur Linux qui vous convient. Presque tous sont gratuits à télécharger et à utiliser. Dans mes travaux de recherche, j'utilise Ubuntu et CentOS. Je partagerai mon expérience.

CentOS : Si vous installez toutes les bibliothèques pendant l'installation, vous ne rencontrerez pas beaucoup de problèmes plus tard. J'ai utilisé le package Molecular Dynamics AMBER et Desmond dessus. Il fonctionne généralement sans poser beaucoup de problèmes.

Ubuntu: Comme il ne contient pas de nombreuses bibliothèques préinstallées, vous devez savoir où trouver des informations sur l'exécution d'un logiciel dessus. Cependant, comme Ubuntu est très populaire auprès des chercheurs , je ne trouve aucune raison pour laquelle vous ne devriez pas l'essayer. Si vous rencontrez des difficultés pour installer ou exécuter un logiciel, vous pouvez publier des questions sur des listes de diffusion spécifiques liées à ce logiciel particulier. Dans le centre logiciel Ubuntu, des programmes comme Pymol , AutoDock , Unipro UGENE, etc. sont disponibles. Gromacs était disponible plus tôt (je ne l'ai pas trouvé en 12.04).

Je vous suggère fortement de prendre un effort unique et d'installer tous vos logiciels utiles sur Ubuntu, puis d'utiliser Remastersys pour faire des copies de votre système d'exploitation afin de le mettre sur autant de postes de travail et de postes de travail que vous le souhaitez.

Personnellement, je vois une immense portée pour avoir un OS Linux spécialisé ciblé pour un public de recherche en biologie et chimie.

J'espère que cela aide.

Bio-Linux est une station de travail bioinformatique sur une base Ubuntu.

Au-delà de cela, il existe toute une série de programmes / outils axés sur la biologie pour Ubuntu, énumérés et élaborés ici .

Il n'y a pas, à ma connaissance, de distribution spécialisée à cet effet.

(Il existe une distribution appelée Scientific Linux , qui est basée sur RedHat / Centos, mais elle est largement développée par et cible les besoins de la physique des hautes énergies (et n'a pas de capacités générales manquantes en stock Ubuntu).)

Il existe une catégorie de biologie (sous science / ingénierie) avec une collection de packages, bien que le nombre d'applications scientifiques spécialisées empaquetées avec ubuntu soit relativement petit (et je m'attends à ce que ce soit également le cas pour d'autres distributions que vous pourriez consulter). Science + Engineering / Biology en énumère quelques-uns mais ne semble pas être à jour.

Cela dit, de nombreux outils scientifiques, bien qu'ils ne soient pas dans les dépôts officiels, fournissent des packages compatibles ubuntu (.deb) que vous pouvez télécharger (par exemple libSBML ), ou des binaires linux génériques (par exemple Copasi ), ou sont neutres sur la plateforme (écrits en java, python, etc.) et devrait donc fonctionner très bien dans Ubuntu (par exemple ImageJ ).

J'utilise Ubuntu pour des travaux de biologie computationnelle, bien que cela implique principalement de travailler avec des outils à usage général (par exemple R, python) plutôt qu'avec des applications spécialisées.

Je vois qu'il y a plusieurs remixes Ubuntu Science disponibles, mais ils semblent tous être morts. Cela semble être le cas avec de nombreux remixes Ubuntu, car souvent, ils n'offrent pas beaucoup en plus de l'installation automatique de certaines applications, donc ils n'obtiennent pas la masse critique nécessaire pour que les développeurs les maintiennent. .

Ma suggestion serait d'utiliser une distribution solide basée sur la science, comme Scientific Linux , qui est ce qui est utilisé (et développé par) par Fermilab, CERN, etc. C'est une distribution qui ne va nulle part de sitôt, et a une grande le soutien de la communauté scientifique. Malheureusement, il est basé sur Red Hat, il peut donc ne pas répondre parfaitement à vos besoins.

Si vous devez utiliser Ubuntu, il existe plusieurs applications scientifiques disponibles dans les dépôts, il suffit de démarrer Ubuntu Software Center et de parcourir "Science & Engineering" -> Biology. Je ne suis pas certain de l'utilité de ces programmes, car cela découle de mon expertise. S'ils étaient suffisants, vous pouviez configurer un script bash rapide qui les installait tous lorsque vous configuriez une nouvelle machine.