Problème avec un séquenceur d'ADN

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J'ai récemment obtenu le séquenceur du génome (ADN) MinION USB, qui à ma grande déception ne semble pas fonctionner correctement dans Ubuntu.

J'utilise la version 12.04 d'Ubuntu. Le séquenceur est correctement détecté par le script / pilote qui l'accompagne, mais semble incapable de détecter l'échantillon.

Je joins la capture d'écran du processus. Toute aide serait grandement appréciée!

entrez la description de l'image ici

drivers usb

— Richard Rodriguez
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Essayez d'exécuter le script / programme de collecte d'échantillons en tant que root avecgksu

— nanofarad

L'appareil envoie-t-il des messages utiles sur / var / log / syslog ou quelque chose?

— Christian

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Étant donné que l'appareil est correctement détecté par le script, il semble plus probable que votre problème soit du côté du séquenceur de gènes, plutôt que d'être un problème Ubuntu. Existe-t-il d'autres utilitaires qui vous permettront de communiquer avec votre séquenceur pour d'autres fonctionnalités, peut-être une routine d'étalonnage? Si Ubuntu peut communiquer avec la machine et lui faire faire d'autres choses, je m'attendrais à ce que le problème soit avec le séquenceur de gènes plutôt qu'avec l'ordinateur. Un autre test possible consiste à essayer d'utiliser un autre système d'exploitation, si des logiciels sont disponibles. Enfin, assurez-vous que votre séquenceur dispose du dernier firmware et que le logiciel que vous utilisez pour vous connecter est à jour.

— Danbsmith
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Il y a une autre chose sur laquelle je vais spéculer, c'est que l'exécuter à partir du shell pourrait ne pas donner le meilleur parti de la priorité. Il s'agit d'un séquenceur à nanopores d'Oxford qui a besoin d'une authentification complète avant d'être autorisé sur sa grille. Il n'a pas suffisamment d'informations pour exécuter et accéder à l'échantillon - c'est ce que je pense.

— all4naija

Il s'agit d'un séquenceur d'ADN autonome. Son interface est probablement un adaptateur de port série USB normal avec lequel le script fourni parle - qui semble fonctionner correctement. Je suis d'accord que le problème vient probablement de la fin du séquenceur, et non de l'interface avec l'ordinateur. GridION n'est pas une plate-forme de «cloud computing», c'est un réseau parallèle de séquenceurs de gènes pour des tâches plus importantes.

— Adrian

Pour plus d'informations: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…

— all4naija

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Une conjecture sauvage: pourrait-il s'agir d'un problème d'autorisations? Certains appareils fonctionnent correctement pour certaines opérations lorsqu'ils sont exécutés en tant qu'utilisateur ordinaire, mais nécessitent des rootprivilèges pour effectuer d'autres opérations. Ainsi, vous pourriez essayer de sudo ./gseqvoir si cela aide. Si cela vous aide, mais que vous ne souhaitez pas exécuter comme roottout le temps, vous pouvez rechercher le ou les fichiers de l'appareil et modifier leurs autorisations pour vous donner accès à l'appareil à l'aide de votre compte normal. Cela impliquerait probablement la création de règles udev. Je n'entrerai pas dans les détails ici car cette solution est un peu longue.

— Rod Smith
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Est-il possible que la durée de vie de 6 heures de l'appareil ait été dépassée? Il semble probable qu'il s'agisse davantage d'une erreur de périphérique ou d'un problème de processus. Le support technique de MinION devrait probablement être votre principal contact pour résoudre ce problème car il semble que le programme communique avec le périphérique.

Chris

— fabricant4
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