La seule grande différence entre l'installation de choses à partir du Centre logiciel ou d'un autre GUI et le faire à partir de la ligne de commande, c'est quand les choses tournent mal.
Dans la plupart des cas, les messages d'erreur d'installation sont masqués et vous donnent simplement un message général indiquant que cela n'a pas fonctionné. Lorsque vous le faites à partir de la ligne de commande, vous voyez tous les messages générés. Souvent, ces informations peuvent être utilisées pour résoudre le problème ou elles vous indiqueront pourquoi vous ne voulez probablement pas le résoudre. Par exemple, l'installation du package entraînerait la rupture ou la désinstallation d'autres packages déjà installés.
Parfois, un package ne parvient pas à installer simplement parce que l'une de ses dépendances n'est pas installée (et l'installation régulière ne corrige pas automatiquement cela comme la plupart). Lorsque cela se produit, vous pouvez souvent simplement installer le package manquant en premier, puis votre installation réussira.
En outre, apt-get vous informera des autres packages associés qui sont "recommandés" avec votre package, afin que vous puissiez les rechercher et voir si vous en voulez.
Il signale également tous les packages précédemment installés qui ne sont probablement plus nécessaires et vous indique comment les supprimer.
Vous ne devez pas ajouter / supprimer de packages de l'une de ces deux dernières étapes sans avoir soigneusement examiné les packages concernés, mais c'est généralement sûr.
Dans Ubuntu 12.04, les applications nouvellement installées sont ajoutées au lanceur par défaut, mais cela ne se produit que pour les applications installées à l'aide du Centre logiciel.