Réponses:
En gros, le test t apparié est un test t dans lequel chaque sujet est comparé à lui-même ou, en d' autres termes , détermine s'ils diffèrent les uns des autres de manière significative sous l'hypothèse que les différences appariées sont indépendantes et identiquement normalement distribuées.
Par contre, le test t par paire est une fonction dans R qui effectue toutes les comparaisons par paire possibles. Voir cette discussion pour plus d'informations