Configuration de Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [fermé]

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Fermé il y a 3 ans .

Il y a quelques jours, j'ai vu un article sur la façon de configurer un SweaveR, qui permettrait à un utilisateur d'exporter directement des éléments tels que des tableaux, des graphiques, etc. dans Latex. Je ne pouvais pas vraiment suivre les instructions.

Quelqu'un peut-il donner des instructions étape par étape sur la façon de le faire sur Mac et Windows?

r

— GKED
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Cette question n'a pratiquement rien à voir avec les statistiques appliquées ou théoriques, et j'aurais voté la clôture si aucune réponse (approfondie) n'avait déjà été donnée.

— chl

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@ chl où iraient ces questions? J'ai trouvé assez difficile de trouver des références sur la configuration de R, sweave et latex lorsque j'ai commencé, c'est pourquoi j'ai répondu.

— richiemorrisroe

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@richiemorrisroe Eh bien, au moins un contrôle rapide sur SO et Google serait utile (à mon humble avis). Je ne critique pas la question elle-même, juste le fait que ces questions ne correspondent pas vraiment à la FAQ CV et aux autres questions ici, mais je peux me tromper. J'ai cependant voté pour votre réponse ainsi que celle de @ PaulHurleyuk. Je suppose que cette question sera maintenue vivante à cause de vos réponses (bien qu'il y ait déjà un vote à clore, ce qui était également la raison de mon avertissement).

— chl

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J'utilise Eclipse / StatEt pour produire un document avec Sweave et LaTex, et je trouve Eclipse parfait comme environnement d'édition. Je peux recommander les guides suivants:

Guide pdf de Longhow Lam
Message de Jeromy Anglim (Notez que cela inclut des informations sur l'installation du package RJ requis pour les dernières versions de StatEt.)

J'utilise également MikTex sur Windows et je trouve que tout fonctionne très bien une fois qu'il est configuré. Il y a aussi quelques bonnes questions et réponses sur Stack Overflow .

— PaulHurleyuk
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Pour moi, j'ai trouvé qu'Eclipse était exagéré pour la création d'articles scientifiques. Donc, pour Windows, ce que j'ai fait était le suivant: Installez Miktex 2.8 (? Pas sûr de la version). Assurez-vous que vous installez Miktex dans un répertoire tel que C: \ Miktex, car Latex déteste les chemins de fichiers contenant des espaces. Assurez-vous de sélectionner l'option d'installation des packages à la volée.

Assurez-vous également que R est installé quelque part que Latex peut le trouver, c'est-à-dire dans un chemin sans espaces. J'ai installé TechNix Center comme programme pour écrire des documents, mais il y en a beaucoup d'autres tels que WinEdt, eclipse, texmaker ou bien Emacs. Maintenant, assurez-vous que vous avez \ usepackage {Sweave} et usepackage {graphicx} dans votre préambule. Comme je suis sûr que vous le savez, vous devez mettre <> = au début de votre bloc R et le terminer par @. Vous aurez besoin du package xtable ou Hmisc pour convertir les objets R au format latex.

J'aime xtable, mais vous devrez probablement faire un peu de jonglage d'objets pour le mettre sous une forme acceptée par xtable (sorties lm, trames de données, matrices). Lorsque vous insérez un tableau, assurez-vous de mettre l'option results = tex dans votre préambule pour le bloc de code, et si vous avez besoin d'un chiffre, assurez-vous que l'option fig = TRUE est également là. Vous ne pouvez également générer qu'un seul chiffre par morceau, alors gardez cela à l'esprit. Une chose à laquelle il faut faire très attention est que le code R est à l'extrême gauche de la page, comme s'il était enfermé dans un environnement, il sera ignoré (cela m'a pris du temps à comprendre).

Vous devez enregistrer le fichier au format .Rnw - assurez-vous que le programme tex que vous utilisez n'ajoute pas de fichier .tex après cela, car cela entraînerait des problèmes.

Exécutez ensuite R CMD Sweave foo.Rnw à partir de la ligne de commande, ou à partir de R exécutez Sweave ("foo.Rnw"). Inévitablement, il échouera à un moment donné (surtout si vous ne l'avez pas encore fait). Déboguez simplement votre fichier .Rnw, rincez et répétez.

Si c'est la première fois que vous effectuez cette opération, il peut s'avérer plus facile de coder toutes les analyses R à partir de r, puis d'utiliser des instructions print pour les insérer dans LaTex. Cependant, je ne recommanderais pas cela comme une bonne idée, comme si vous découvrez que votre fichier de données contient des erreurs à la fin de cette procédure (comme je l'ai fait le week-end dernier), alors vous devrez réexécuter toutes vos analyses, ce qui si vous pouviez correctement depuis l'intérieur du latex dès le début, peut être évité.

De plus, les calculs Sweave peuvent prendre un certain temps, vous pouvez donc utiliser le package R cacheSweave pour enregistrer les analyses de réexécution. Apparemment, le point culminant du package R permet le codage couleur du code R dans les documents, mais je ne l'ai pas utilisé.

Je n'ai jamais utilisé de latex ou de R sur un Mac, je vais donc laisser cette explication à quelqu'un d'autre. J'espère que cela t'aides.

— richiemorrisroe
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RStudio (rstudio.org) facilite les choses en supposant que LaTeX est déjà installé sur votre système. Il y a un bouton PDF qui exécute le code via Sweave, puis l'exécute via pdflatex et lance une visionneuse PDF.

— Frank Harrell
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+1 Je suis d'accord. Bien que ce ne soit pas une réponse directe à la question de GKED, je pense que les utilisateurs à la recherche d'outils comme StatET sont souvent les mêmes que ceux qui pourraient bénéficier de RStudio (c'est-à-dire pas nécessairement les utilisateurs plongeant dans Emacs / ESS avec enthousiasme). Alors que R Studio et StatET offrent des fonctionnalités similaires, RStudio gagne dans la facilité des enjeux de configuration.

— Jeromy Anglim

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J'ai installé cette suite assez récemment et j'ai suivi les instructions selon les instructions ici .

Il existe des liens vers tous les composants logiciels requis. J'utilise MiKTex pour tous les composants LaTex.

Il y a quelques pièges si vous prévoyez d'utiliser des fenêtres 64 bits car vous aurez besoin du runtime java 64 bits supplémentaire. C'est assez facile à surmonter si vous allez sur java.com dans un IE 64 bits et vérifiez votre installation, il vous dirigera vers le programme d'installation 64 bits qui est autrement difficile à trouver.

Pour éviter de contourner les variables de chemin, j'ai simplement extrait le dossier eclipse dans C: \ Program Files car c'est là que réside java et 64 bits R. À partir de là, les options de configuration dans eclipse peuvent facilement s'exécuter automatiquement et trouver les paramètres appropriés.

J'espère que ça aide.

— John
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