Existe-t-il un package R (ou même une fonction R de base) qui implémente la méthode de Fisher ou Stouffer pour combiner les valeurs p? Le codage devrait être presque trivial, mais je préfère utiliser (et citer) un package.
Exemple de code dans cette question: Méthode de Fisher pour peigner les valeurs de p - qu'en est-il de la queue inférieure?
Réponses:
Le metappackage de Michael Dewey implémente de nombreuses méthodes pour combiner les valeurs de p:
sumlog: Méthode de Fishersumz: Ressemble à la méthode de Stouffer (avec des poids), cela n'est pas mentionné explicitement dans la documentation de la fonction mais confirmé dans le projet de vignette (qui ne fait pas encore partie du package)meanp: Lors de la combinaison des valeurs de p, pourquoi ne pas simplement faire la moyenne?Il y a aussi la combine.testfonction dans le survcomppackage (sur Bioconductor). Implémente la méthode de Fisher et Stouffer, ainsi que la méthode logit.
survcompfonctionne également dans le cas de bord d'une seule valeur p, gère les valeurs manquantes de manière plus cohérente avec la base r et encourage les contributions en fournissant un dépôt officiel.