En plus de l'excellente réponse de Tim, il existe même dans un même champ différentes raisons pour des intervalles de confiance particuliers. Dans un essai clinique pour la laque, par exemple, vous voudriez être très confiant que votre traitement n'est pas susceptible de tuer qui que ce soit, par exemple 99,99%, mais vous seriez parfaitement bien avec un intervalle de confiance de 75% que votre laque fait que les cheveux restent tout droit.
En général, les intervalles de confiance doivent être utilisés de manière à ce que vous soyez à l'aise avec l'incertitude, mais aussi pas si strictes qu'ils réduisent la puissance de votre étude à la non-pertinence. Un intervalle de confiance à 90% signifie que lors de la répétition de l'échantillonnage, vous vous attendez à ce qu'une génération sur dix génère n'inclura pas la vraie valeur. D'après ce que vous recherchez, est-ce acceptable? D'un autre côté, si vous préférez un intervalle de confiance à 99%, votre taille d'échantillon est-elle suffisante pour que votre intervalle ne soit pas inutilement grand? (J'espère que vous décidez du niveau CI avant de faire l'étude, non?)
D'après mon expérience (dans les sciences sociales) et d'après ce que j'ai vu de ma femme (dans les sciences biologiques), bien qu'il existe des normes de type CI / signification dans divers domaines et divers cas spécifiques, il n'est pas rare La majorité du débat sur un sujet consiste à déterminer si vous définissez correctement votre intervalle d'IC ou votre niveau de signification. J'ai assisté à des réunions où un statisticien a patiemment expliqué à un client que même s'il aimait un intervalle de confiance bilatéral de 99%, pour que ses données soient significatives, il faudrait décupler son échantillon; et j'ai participé à des réunions où les clients demandent pourquoi aucune de leurs données ne montre une différence significative, où nous leur expliquons patiemment que c'est parce qu'ils ont choisi un intervalle élevé - ou l'inverse, tout est important parce qu'un intervalle inférieur a été demandé.  
Ce que je suggère, c'est de lire certains des principaux articles dans votre domaine (aussi près que possible de votre sujet spécifique) et de voir ce qu'ils utilisent; combinez cela avec votre niveau de confort et la taille de l'échantillon; puis préparez-vous à défendre ce que vous choisissez avec ces informations à portée de main. À moins que vous ne soyez dans un domaine où les règles sont très strictes - les essais cliniques, je suppose, sont les seuls qui soient vraiment aussi stricts, du moins d'après ce que j'ai vu - vous n'obtiendrez rien de mieux. (Et s'il y a des règles strictes, je m'attends à ce que les principaux journaux de votre domaine les suivent!)