Tout d'abord, je dirais que vous voulez probablement désactiver les connexions persistantes car elles font presque toujours plus de mal que de bien.
Deuxièmement, je dirais que vous voulez vérifier vos utilisateurs MySQL, juste pour vous assurer qu'il n'est pas possible pour quiconque de se connecter à partir d'un serveur distant. C'est également un élément de sécurité majeur à vérifier.
Troisièmement, je dirais que vous voulez activer le journal des requêtes lentes MySQL pour garder un œil sur les requêtes qui prennent beaucoup de temps, et l'utiliser pour vous assurer que vous n'avez aucune requête verrouillant les tables clés pendant trop longtemps.
D'autres choses que vous pouvez vérifier sont d'exécuter la requête suivante alors que la charge du processeur est élevée:
SHOW PROCESSLIST;
Cela vous montrera toutes les requêtes en cours d'exécution ou dans la file d'attente à exécuter, ce qu'est la requête et ce qu'elle fait (cette commande tronquera la requête si elle est trop longue, vous pouvez utiliser SHOW FULL PROCESSLIST pour voir le texte complet de la requête) .
Vous aurez également besoin de garder un oeil sur des choses comme la taille de vos tampons, cache de table , cache de requêtes et innodb_buffer_pool_size (si vous utilisez InnoDB tables) que toutes ces allocations de mémoire peut avoir une incidence sur les performances des requêtes qui peuvent causer MySQL manger du processeur.
Vous voudrez probablement aussi relire les éléments suivants car ils contiennent de bonnes informations.
C'est aussi une très bonne idée d'utiliser un profileur. Quelque chose que vous pouvez activer quand vous le souhaitez et qui vous montrera quelles requêtes votre application est en cours d'exécution, s'il y a des requêtes en double, combien de temps elles prennent, etc., etc. Un exemple de quelque chose comme celui-ci est celui sur lequel j'ai travaillé. PHP Profiler mais il y en a beaucoup là-bas. Si vous utilisez un logiciel comme Drupal, Joomla ou Wordpress, vous voudrez vous renseigner au sein de la communauté car il existe probablement des modules disponibles pour eux qui vous permettent d'obtenir ces informations sans avoir besoin d'intégrer manuellement quoi que ce soit.