Votre intuition est essentiellement correcte mais il y a quelques points importants.
Lorsque l'objectif est arrêté à fond, seule la lumière dirigée vers le centre de l'élément avant fera apparaître l'image, de sorte que l'élément avant entier n'est pas utilisé pour chaque point de lumière frappant le capteur (bien que tout soit utilisé pour un point de lumière).
Même lorsque l'ouverture est complètement ouverte et que la lumière traverse l'ensemble de l'élément avant pour chaque pixel, le filtre sera à une distance petite mais significative devant l'objectif.
Temps pour quelques diagrammes grossièrement dessinés à la main. Pour le premier cas, il est facile de voir que si le filtre est placé n'importe où sauf au niveau mort avec l'iris, alors il va bloquer la lumière venant du haut de la scène mais pas du bas:
http://www.mattgrum.com/photo_se/pinhole.jpg
Considérons maintenant le deuxième cas. L'objectif est grand ouvert et empêche les effets de vignettage, chaque point de lumière d'un objet mis au point s'étale, frappant tout l'élément avant avant d'être focalisé sur un point. Cela suggère que la lumière du haut et du bas de l'objet passe à travers la même quantité de filtre ND, ce qui signifie qu'il n'y a pas d'effet gradué. Cependant, le filtre ne sera pas monté au ras de l'élément avant:
http://www.mattgrum.com/photo_se/wideopen.jpg
Lorsqu'il est légèrement à l'avant, il y aura un angle sous lequel la lumière passe juste sous le filtre en venant du bas de la scène, tandis que la lumière du haut est partiellement filtrée, ce qui entraîne une différence de luminosité entre le haut et le bas.
Cependant, si l'objectif est très rapide et que le filtre est monté assez près de l'objectif, le grad ND ne fonctionnera pas vraiment, comme le suggère votre question. Pour le prouver, j'ai collé une carte noire sur un objectif 50 mm f / 1,4, elle est donc juste au-dessus du centre, couvrant presque la moitié de l'élément avant:
http://mattgrum.com/photo_se/f1_4.jpg
C'est grand ouvert, pointant vers le ciel (distance de mise au point 3m). Il y a un léger vignettage visible en haut, mais loin de l'effet que vous attendez de ce qui est essentiellement un filtre gradué qui passe brusquement de 0 à 100% de filtration! Voici la même photo à f / 11:
http://mattgrum.com/photo_se/f11.jpg