Je veux tracer les frontières des pays d'Amérique du Nord sur une image raster représentant une variable, puis superposer les contours au-dessus du tracé à l'aide de R. J'ai réussi à le faire en utilisant des graphiques de base et un treillis, mais il semble que le processus de traçage soit beaucoup trop lent! Je ne l'ai pas encore fait dans ggplot2, mais je doute qu'il s'en tirera mieux en termes de vitesse.
J'ai les données dans un fichier netcdf créé à partir d'un fichier grib. Pour l'instant, j'ai téléchargé les frontières des pays pour le Canada, les États-Unis et le Mexique, qui étaient disponibles dans les fichiers RData de GADM qui lisent dans R en tant qu'objets SpatialPolygonsDataFrame.
Voici du code:
# Load packages
library(raster)
#library(ncdf) # If you cannot install ncdf4
library(ncdf4)
# Read in the file, get the 13th layer
# fn <- 'path_to_file'
r <- raster(fn, band=13)
# Set the projection and extent
p4 <- "+proj=lcc +lat_1=50.0 +lat_2=50.0 +units=km +x_0=32.46341 +y_0=32.46341 +lon_0=-107 +lat_0=1.0"
projection(r) <- CRS(p4)
extent(r) <- c(-5648.71, 5680.72, 1481.40, 10430.62)
# Get the country borders
# This will download the RData files to your working directory
can<-getData('GADM', country="CAN", level=1)
usa<-getData('GADM', country="USA", level=1)
mex<-getData('GADM', country="MEX", level=1)
# Project to model grid
can_p <- spTransform(can, CRS(p4))
usa_p <- spTransform(usa, CRS(p4))
mex_p <- spTransform(mex, CRS(p4))
### USING BASE GRAPHICS
par(mar=c(0,0,0,0))
# Plot the raster
bins <- 100
plot(r, axes=FALSE, box=FALSE, legend=FALSE,
col=rev( rainbow(bins,start=0,end=1) ),
breaks=seq(4500,6000,length.out=bins))
plot(r, legend.only=TRUE, col=rev( rainbow(bins,start=0,end=1)),
legend.width=0.5, legend.shrink=0.75,
breaks=seq(4500,6000,length.out=bins),
axis.args=list(at=seq(4500,6000,length.out=11),
labels=seq(4500,6000,length.out=11),
cex.axis=0.5),
legend.args=list(text='Height (m)', side=4, font=2,
line=2, cex=0.8))
# Plot the borders
# These are so slow!!
plot(can_p, add=TRUE, border='white', lwd=2)
plot(usa_p, add=TRUE, border='white', lwd=2)
plot(mex_p, add=TRUE, border='white', lwd=2)
# Add the contours
contour(r, add=TRUE, nlevel=5)
### USING LATTICE
library(rasterVis)
# Some settings for our themes
myTheme <- RdBuTheme()
myTheme$axis.line$col<-"transparent"
myTheme$add.line$alpha <- 1
myTheme2 <- myTheme
myTheme2$regions$col <- 'transparent'
myTheme2$add.text$cex <- 0.7
myTheme2$add.line$lwd <- 1
myTheme2$add.line$alpha <- 0.8
# Get JUST the contour lines
contours <- contourplot(r, margin=FALSE, scales=list(draw=FALSE),
par.settings=myTheme2, pretty=TRUE, key=NULL, cuts=5,
labels=TRUE)
# Plot the colour
levels <- levelplot(r, contour=FALSE, margin=FALSE, scales=list(draw=FALSE),
par.settings = myTheme, cuts=100)
# Plot!
levels +
layer(sp.polygons(can_p, col='green', lwd=2)) +
layer(sp.polygons(usa_p, col='green', lwd=2)) +
layer(sp.polygons(mex_p, col='green', lwd=2)) +
contoursExiste-t-il un moyen d'accélérer le tracé des polygones? Sur le système sur lequel je travaille, le tracé prend plusieurs minutes. Je veux éventuellement créer une fonction qui générera facilement un certain nombre de ces tracés pour inspection, et je pense que je tracerai plusieurs de ces cartes, donc je veux augmenter la vitesse des tracés!
Merci!