Existe-t-il un moyen d'obtenir les distances pour le deuxième plus proche voisin entre deux motifs de points dans R? Le paquet spatstat a une fonction appelée nncross mais il ne s'applique qu'aux voisins les plus proches entre deux modèles et j'ai besoin des distances aux seconds voisins les plus proches.
Réponses:
La fonction get.knnx dans le package FNN peut calculer les N voisins les plus proches dans les modèles de points.
x1 = cbind(runif(10),runif(10))
x2 = cbind(runif(10),runif(10))
nn = get.knnx(x1,x2,2)maintenant nn $ nn.index est une matrice telle que nn $ nn.index [i, j] est la ligne en x1 des deux voisins les plus proches de la ligne i en x2 - triée de sorte que la plus proche soit [i, 1], et le prochain voisin est [i, 2].
La fonction renvoie également les distances pour vous et dispose de quelques options pour calculer les index spatiaux pour des recherches très rapides.
Je viens de découvrir que spatstat a une fonction crossdist .
La description
Calcule les distances entre des paires de «choses» tirées de deux ensembles de données différents.
Il prend deux modèles de points X et Y en entrée et renvoie la matrice dont l'entrée [i, j] est la distance de X [i] à Y [j]. Pour obtenir le deuxième voisin le plus proche à l'aide de crossdist:
xdistances <- crossdist(X, Y) #Get all cross distances
nn = numeric()
for (i in 1:nrow(X)) {
xdistance <- sort(xdistances[i,], partial=2)[2]
nn <- append(nn, xdistance)
}Je sais que j'ai déjà accepté la réponse de Spacedman mais je voudrais partager comment je l'ai fait d'une autre manière.
La fonction nndistdans le spatstatpackage a un argument kqui détermine l'ordre des voisins. Pour obtenir la deuxième distance du voisin le plus proche, utilisez k=2. Pour obtenir à la fois le premier et le second voisins, utilisez k=1:2.