Le moyen le plus rapide de convertir un gros raster en polyligne en utilisant R ou Python?

J'ai un gros fichier raster (129600 par 64800 pixels) avec les plans d'eau mondiaux (valeurs 1 bit 0 et 1) et j'essaie d'extraire les rives des océans et des eaux intérieures.

J'ai essayé avec ArcGIS et QGIS de convertir de raster en polyligne, mais cela prend des siècles.

Quelqu'un connaît-il un moyen meilleur / plus rapide (Python ou R) ou un meilleur outil pour cette tâche?

Mise à jour

• R: rasterToContour peut être rapide et précis, mais si vous avez un très grand ensemble de données comme le mien (8 398 080 000 pixels), vous avez besoin d'une très grande quantité de RAM (plus de 16 Go) ou vous forcez R à faire plus de traitement sur le disque dur et prendra également des âges.
• Python / GDAL: gdal_poligonize crée des polygones au lieu de polylignes

Update 2

• R rasterToContour: rasterToContour ne fournit pas les résultats souhaités. Comparé à ArcGIS (raster sur polygone suivi d'une entité sur ligne), il n'extrait pas le contour exact des pixels, comme indiqué dans les exemples ci-dessous.

Résultat rasterToContour

Résultat ArcGIS

MISE À JOUR 3

Python / GDAL: j'ai exécuté gdal_polygonize à partir de la ligne de commande contre ArcGIS sur un jeu de données de test et les résultats étaient extrêmement clairs:

• gdal: 49 secondes
• ArcGIS: 1,84 secondes

Je travaille avec R et utilisé à rasterToPolygonspartir du rasterpackage dans le passé, mais maintenant je préfère gdal_polygonizeRpar John Baumgartner. Il se base sur gdal_polygonize.pyet est beaucoup plus rapide. John Baumgartner a publié le code et a donné un exemple d'utilisation dans son blog .

Si vous êtes familier avec python, vous pouvez gdal_polygonize.pybien sûr l' utiliser directement.

Pour la postérité, j'ai eu du succès avec le stars::package Rpour faire ce type d'opération rapidement.

library(raster)
library(stars)
library(sf)
library(magrittr)

f <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(f)
r[r[] < 750] <- 0
r[r[] >= 750] <- 1

x <- st_as_stars(r) %>% 
  st_as_sf() %>% # this is the raster to polygons part
  st_cast("MULTILINESTRING") # cast the polygons to polylines

plot(x)

plot(r)
plot(x, add = TRUE)

Essayez à rasterToContourpartir du package raster .

f <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(f)
r[r[] < 750] <- 0
r[r[] >= 750] <- 1

x <- rasterToContour(r)
class(x)
> [1] "SpatialLinesDataFrame"
> attr(,"package")
> [1] "sp"

plot(r)
plot(x, add=TRUE)

Vous pouvez ensuite facilement écrire les fichiers dans un dossier local, par exemple sous la forme «ESRI Shapefile» (.shp), en utilisant le code ci-dessous. Jetez un oeil à ogrDriversde rgdal pour les pilotes de votre système est compatible avec.

library(rgdal)
writeOGR(x, dsn = getwd(), layer = "coastlines", driver = "ESRI Shapefile")

Bien que je sois un grand fan de GDAL, l'outil de polygonisation était également trop lent pour mes applications.

Une alternative rapide est gdal_trace_outlinedes scripts Dans GDAL qui ont également plus d'options concernant la tolérance, les beignets, etc.

De gdal_polygonizecette façon, vous obtenez également des polygones avec lesquels vous devrez ensuite convertir ogr2ogr -nlt MULTILINESTRING.

L'inconvénient est que vous devez le compiler vous-même, sauf si vous êtes sur un système Linux ou Mac OsX.