MySQL InnoDB crash post-mortem

MySQL s'est écrasé sur moi ce matin.

À l'exception des bases de données standard MySQL incluses, tout ce que j'utilise est InnoDB.

J'ai tenté de redémarrer le démon MySQL mais il a échoué deux fois.

J'ai ensuite redémarré l'ensemble du serveur et MySQL a démarré correctement et fonctionne bien depuis.

Le fichier journal mysqld pour le crash initial contient les éléments suivants:

120927 10:21:05 mysqld_safe Number of processes running now: 0
120927 10:21:06 mysqld_safe mysqld restarted
120927 10:21:12 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
120927 10:21:12 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
120927 10:21:12 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
120927 10:21:12 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
120927 10:21:12 InnoDB: Using Linux native AIO
120927 10:21:13 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 4.0G
InnoDB: mmap(4395630592 bytes) failed; errno 12
120927 10:21:13 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
120927 10:21:13 InnoDB: Fatal error: cannot allocate memory for the buffer pool
120927 10:21:13 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
120927 10:21:13 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
120927 10:21:13 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
120927 10:21:13 [ERROR] Aborting

120927 10:21:13 [Note] /usr/libexec/mysqld: Shutdown complete

120927 10:21:13 mysqld_safe mysqld from pid file /var/run/mysqld/mysqld.pid ended

Lorsque vous essayez de redémarrer le démon, le fichier journal mysqld contient:

120927 10:43:44 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
120927 10:43:44 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
120927 10:43:44 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
120927 10:43:44 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
120927 10:43:44 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
120927 10:43:44 InnoDB: Using Linux native AIO
120927 10:43:44 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 4.0G
InnoDB: mmap(4395630592 bytes) failed; errno 12
120927 10:43:44 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
120927 10:43:44 InnoDB: Fatal error: cannot allocate memory for the buffer pool
120927 10:43:44 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
120927 10:43:44 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
120927 10:43:44 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
120927 10:43:44 [ERROR] Aborting

120927 10:43:44 [Note] /usr/libexec/mysqld: Shutdown complete

120927 10:43:44 mysqld_safe mysqld from pid file /var/run/mysqld/mysqld.pid ended

Après le redémarrage du serveur, le fichier journal mysqld contient:

120927 10:46:11 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
120927 10:46:11 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
120927 10:46:11 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
120927 10:46:11 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
120927 10:46:11 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
120927 10:46:11 InnoDB: Using Linux native AIO
120927 10:46:11 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 4.0G
120927 10:46:11 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
120927 10:46:12 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
120927 10:46:12  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
120927 10:46:15  InnoDB: Waiting for the background threads to start
120927 10:46:16 InnoDB: 1.1.8 started; log sequence number 57665645675
120927 10:46:16 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
120927 10:46:16 [Note] /usr/libexec/mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.21-cll'  socket: '/var/lib/mysql/mysql.sock'  port: 3306  MySQL Community Server (GPL) by Atomicorp

Je n'ai jamais eu à essayer de déchiffrer un fichier journal de crash MySQL.

J'utilise la version: 5.5.21-cll MySQL Community Server (GPL) par Atomicorp

Des idées sur où je devrais commencer?

MISE À JOUR: De la recommandation de @ Michael-sqlbot, j'ai tiré le syslog et j'ai trouvé ceci:

Sep 27 10:20:58 ip-97-74-197-181 kernel: pcscd invoked oom-killer: gfp_mask=0xd0, order=0, oomkilladj=0
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel: Call Trace:
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff800c9f35>] out_of_memory+0x8e/0x2f3
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff8002dfc7>] __wake_up+0x38/0x4f
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff8000f67d>] __alloc_pages+0x27f/0x308
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff80017a84>] cache_grow+0x139/0x3c7
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff8005be28>] cache_alloc_refill+0x138/0x188
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff8000ad2e>] kmem_cache_alloc+0x6c/0x76
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff80012877>] getname+0x25/0x1c2
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff8001a04b>] do_sys_open+0x17/0xbe
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:  [<ffffffff8005d28d>] tracesys+0xd5/0xe0
Sep 27 10:21:00 ip-97-74-197-181 kernel:
Sep 27 10:21:11 ip-97-74-197-181 kernel: Mem-info:
Sep 27 10:21:20 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 DMA per-cpu:
Sep 27 10:21:27 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 0 hot: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:38 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 0 cold: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:49 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 1 hot: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:49 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 1 cold: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:49 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 2 hot: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 2 cold: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 3 hot: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 3 cold: high 0, batch 1 used:0
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 DMA32 per-cpu:
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 0 hot: high 186, batch 31 used:60
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 0 cold: high 62, batch 15 used:57
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 1 hot: high 186, batch 31 used:139
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 1 cold: high 62, batch 15 used:61
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 2 hot: high 186, batch 31 used:47
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 2 cold: high 62, batch 15 used:57
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 3 hot: high 186, batch 31 used:52
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 3 cold: high 62, batch 15 used:53
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 Normal per-cpu:
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 0 hot: high 186, batch 31 used:29
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 0 cold: high 62, batch 15 used:17
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 1 hot: high 186, batch 31 used:178
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 1 cold: high 62, batch 15 used:52
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 2 hot: high 186, batch 31 used:22
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 2 cold: high 62, batch 15 used:59
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 3 hot: high 186, batch 31 used:71
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: cpu 3 cold: high 62, batch 15 used:54
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 HighMem per-cpu: empty
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Free pages:       41728kB (0kB HighMem)
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Active:1031140 inactive:970428 dirty:0 writeback:0 unstable:0 free:10432 slab:4277 mapped-file:801 mapped-anon:1993003 pagetables:11636
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 DMA free:10096kB min:12kB low:12kB high:16kB active:0kB inactive:0kB present:9700kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? yes
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: lowmem_reserve[]: 0 2965 8015 8015
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 DMA32 free:24424kB min:4236kB low:5292kB high:6352kB active:1544164kB inactive:1428756kB present:3037024kB pages_scanned:7185900 all_unreclaimable? yes
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 5050 5050
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 Normal free:7208kB min:7212kB low:9012kB high:10816kB active:2580172kB inactive:2453052kB present:5171200kB pages_scanned:12935183 all_unreclaimable? yes
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 HighMem free:0kB min:128kB low:128kB high:128kB active:0kB inactive:0kB present:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 DMA: 6*4kB 3*8kB 4*16kB 4*32kB 4*64kB 5*128kB 1*256kB 1*512kB 0*1024kB 0*2048kB 2*4096kB = 10096kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 DMA32: 24*4kB 3*8kB 1*16kB 1*32kB 1*64kB 3*128kB 1*256kB 0*512kB 1*1024kB 1*2048kB 5*4096kB = 24424kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 Normal: 0*4kB 13*8kB 8*16kB 0*32kB 19*64kB 1*128kB 2*256kB 0*512kB 1*1024kB 0*2048kB 1*4096kB = 7208kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Node 0 HighMem: empty
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: 9391 pagecache pages
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Swap cache: add 5745145, delete 5744809, find 81873079/82270945, race 0+63
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Free swap  = 0kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Total swap = 2096472kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Free swap:            0kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: 2359296 pages of RAM
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: 324458 reserved pages
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: 21388 pages shared
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: 336 pages swap cached
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Out of memory: Killed process 3044, UID 27, (mysqld).

J'ai de bonnes et de mauvaises nouvelles. La bonne nouvelle est que votre système de fichiers et mysql sont très bien ... mais vérifiez / var / log / syslog ou équivalent pour voir ce qui se passait sur votre système avant 10:21:05.

Lorsque le premier message que vous avez publié a été enregistré, votre serveur mysql était déjà mort.

120927 10:21:05 mysqld_safe Number of processes running now: 0

Donc, en supposant que vous n'ayez rien oublié dans le journal des erreurs mysql, je vais dire qu'il ne s'est pas écrasé et qu'il est mort - il a en fait été tué.

Lorsque mysqld_safe (qui est un wrapper, pas le serveur lui-même) s'est rendu compte que le serveur ne fonctionnait pas et que le serveur ne s'était pas terminé correctement, il l'a redémarré pour vous ...

120927 10:21:06 mysqld_safe mysqld restarted

... puis le démon du serveur a enregistré certains messages de démarrage normaux ...

120927 10:21:12 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
120927 10:21:12 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
120927 10:21:12 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
120927 10:21:12 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
120927 10:21:12 InnoDB: Using Linux native AIO

... mais quand mysqld a demandé au système d'exploitation d'allouer 4 Go de mémoire pour le pool de mémoire tampon InnoDB ...

120927 10:21:13 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 4.0G

... le noyau a dit "non".

InnoDB: mmap(4395630592 bytes) failed; errno 12

Vérifier la source du noyau pour être sûr:

#define ENOMEM      12  /* Out of memory */

Ouais. Donc, chaque message sous la ligne "Échec; errno 12" doit être ignoré - ce sont tous des effets secondaires de celui-ci.

Mais encore une fois, toutes ces choses se sont produites après le premier crash.

Ma meilleure supposition est qu'une condition de mémoire extrêmement faible a causé votre noyau à l'origine de tuer mysqld pour tenter de stabiliser le système.

Naturellement, ce qui a causé la pénurie de mémoire a disparu après le redémarrage. Le serveur mysql a pu allouer 4 Go pour le pool de mémoire tampon InnoDB, et tout devrait être bon jusqu'à ce que ce qui vous a fait manquer de mémoire le provoque à nouveau.

Première supposition: les processus enfants apache fonctionnent de façon folle.

Cela m'est arrivé récemment et ce fil a été inestimable pour m'aider à comprendre ce qui se passe.

J'utilise une pile LAMP sur Ubuntu 14.04 avec 1 Go de RAM. Mon serveur a continué de planter en raison de pics de trafic Web. Pour moi, jouer avec le fichier de configuration mysql n'a fait que prolonger le temps que j'éprouverais un autre crash aléatoire. Pour tester et corriger cela, j'ai finalement utilisé l'outil ab d'Apache:

ab -n 100 -c 10 http://gastonia.com/

10 devises (-c) étaient correctes, donc incrémentées jusqu'à ce que j'atteigne 30 - bam - crash. J'ai reculé jusqu'à ce que je trouve un numéro sûr, puis j'ai ajusté la directive ServerLimit d'Apache:

ServerLimit 20

Après cela, je pourrais changer -c en n'importe quel nombre que je voulais, et je n'ai pas encore connu un autre crash.

Espérons que cela soit utile à quiconque éprouve le même problème.

J'ai eu le même problème que celui publié à l'origine, plus des corruptions récurrentes d'InnoDB à des intervalles aléatoires après le redémarrage mystérieux de Mysql_safe.

J'ai généralement pu redémarrer Mysql en arrêtant d'abord Apache.

Après avoir lu ce post, j'ai regardé dans mes journaux syslog et j'ai trouvé: noyau: Mémoire insuffisante: tuer le processus 19468 (mysqld) marquer 256 ou sacrifier l'enfant avec le même horodatage que le mystérieux mysql plante.

Je l'ai également associé à des rafales de trafic et à des piles de processus httpd (apache). J'ai réduit la taille du pool innoDB, augmenté un peu la taille du swap et plafonné le nombre maximum de processus apache juste au cas où.

quand tu as

Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Swap cache: add 5745145, delete 5744809, find 81873079/82270945, race 0+63
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Free swap  = 0kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Total swap = 2096472kB
Sep 27 10:21:52 ip-97-74-197-181 kernel: Free swap:            0kB

essayez de détecter quels processus mangent votre mémoire et échangez:

for file in /proc/*/status ; do awk '/VmSwap|Name/{printf $2 " " $3}END{ print ""}' $file; done | sort -k 2 -n -r | less

puis tuez-les tous:

ps -ef | grep eatingprocess |  grep -v grep  |  awk '{print $2}' | xargs kill -9