OSX doit deviner quel moniteur est lequel, puisque les informations EDID sont les mêmes pour les deux (enregistrez le numéro de série, probablement, mais OSX ne semble pas y prêter attention). Il essaie généralement de configurer les paramètres de la configuration précédente en examinant comment les périphériques sont connectés dans l'arborescence de connexion, mais avec Thunderbolt, l'arborescence de connexion n'est pas aussi simple qu'elle l'était avec DisplayPort et USB.
Vous devriez être en mesure de résoudre ce problème en connectant un moniteur à la fois (c'est-à-dire, débranchez la connexion Thunderbolt pour le troisième moniteur, connectez le deuxième, puis rebranchez le troisième). Cependant, ce n'est pas idéal, d'autant plus que toutes vos applications reviendront au moniteur principal, plutôt que la façon dont vous les aviez configurées précédemment.
Quand Apple publie une actualisation de l'écran Thunderbolt, attacher l'un des anciens et un des nouveaux devrait également résoudre le problème - ils ne sembleront pas être le "même" appareil, et donc OSX aura plus de facilité à garder le temps dont est la trace.
Jusqu'à ce que cela se produise, une autre chose que vous pouvez essayer est d'attacher la troisième avec une rallonge électrique. C'est un appareil actif, et peut modifier suffisamment l'arborescence de connexion pour qu'OSX puisse plus facilement le suivre.
Si cela ne vous aide pas, votre meilleur pari sera d'attendre jusqu'à ce qu'ils rafraîchissent l'affichage du coup de foudre et de mettre à niveau un seul d'entre eux lorsqu'ils le font.