Science computationnelle performance

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Quelles sont les bonnes stratégies pour améliorer les performances en série de mon code?

Je travaille dans le domaine de la science informatique et, par conséquent, je passe une bonne partie de mon temps à essayer d’accroître le débit scientifique de nombreux codes, ainsi qu’à en comprendre l’efficacité. Supposons que j’ai évalué le compromis performance / lisibilité / réutilisabilité / maintenabilité du logiciel sur …

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L’analyse algorithmique par comptage flop est-elle obsolète?

Dans mes cours d’analyse numérique, j’ai appris à analyser l’efficacité des algorithmes en comptant le nombre d’opérations à virgule flottante (flops) qu’ils requièrent, par rapport à l’ampleur du problème. Par exemple, dans le texte de Trefethen & Bau sur l'algèbre linéaire numérique, il y a même des images en 3D …

43 algorithms performance complexity education architecture

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Qu'est-ce qui fait que Fortran est rapide?

Fortran occupe une place particulière dans la programmation numérique. Vous pouvez certes créer de bons logiciels rapides dans d’autres langues, mais Fortran continue de très bien fonctionner malgré son âge. De plus, il est plus facile de créer des programmes rapides en Fortran. J'ai créé des programmes rapides en C …

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Comment l'opérateur de barre oblique inversée MATLAB résout-il

Je comparais quelques-uns de mes codes avec les codes MATLAB "en stock". Je suis surpris des résultats. J'ai couru un exemple de code (Sparse Matrix) n = 5000; a = diag(rand(n,1)); b = rand(n,1); disp('For a\b'); tic;a\b;toc; disp('For LU'); tic;LULU;toc; disp('For Conj Grad'); tic;conjgrad(a,b,1e-8);toc; disp('Inv(A)*B'); tic;inv(a)*b;toc; Résultats : For a\b …

36 linear-algebra performance matlab

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Différences de performances entre ATLAS et MKL?

ATLAS est un remplacement BLAS / LAPACK gratuit qui s'accorde à la machine une fois compilé. MKL est la bibliothèque commerciale fournie par Intel. Ces deux bibliothèques sont-elles comparables en termes de performances, ou MKL a-t-il le dessus pour certaines tâches? Si oui, lesquels?

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Quels outils ou approches sont disponibles pour accélérer le code écrit en Python?

Contexte: Je pense que je pourrais vouloir porter du code qui calcule les produits matriciels à vecteur exponentiel en utilisant une méthode de sous-espace Krylov de MATLAB à Python. (Plus précisément, la fonction expmvp de Jitse Niesen , qui utilise un algorithme décrit dans cet article .) Cependant, je sais …

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Quand dois-je utiliser des modèles d'expressions C ++ en science informatique et quand ne dois-je * pas * les utiliser?

Supposons que je travaille sur un code scientifique en C ++. Lors d'une récente discussion avec un collègue, il a été avancé que les modèles d'expression pouvaient être une très mauvaise chose, rendant potentiellement le logiciel compilable uniquement sur certaines versions de gcc. Soi-disant, ce problème a affecté quelques codes …

24 performance c++ automatic-differentiation interval-arithmetic

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Quelle est l'approche préférée et efficace pour interpoler des données multidimensionnelles?

Quelle est l'approche préférée et efficace pour interpoler des données multidimensionnelles? Choses qui m'inquiètent: performances et mémoire pour la construction, évaluation unique / batch dimensions de manipulation de 1 à 6 linéaire ou d'ordre supérieur pouvoir obtenir des gradients (sinon linéaires) grille régulière vs dispersée utilisant comme fonction d'interpolation, par …

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Intel Fortran Compiler: conseils sur l'optimisation lors de la compilation

Je vais commencer par mon expérience personnelle dans notre laboratoire. Dans les ifort 9 et 10 jours, nous avions l'habitude d'être assez agressifs avec les optimisations, en compilant avec -O3 et des drapeaux spécifiques au processeur (-xW -xSSE4.2 par exemple). Mais à partir d'ifort 11, nous avons commencé à remarquer: …

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Comment les performances des opérations de tableau Python / Numpy évoluent-elles avec l'augmentation des dimensions du tableau?

Comment les tableaux Python / Numpy évoluent-ils avec des dimensions de tableau croissantes? Ceci est basé sur un comportement que j'ai remarqué lors de l'analyse comparative du code Python pour cette question: Comment exprimer cette expression compliquée à l'aide de tranches numpy Le problème concernait principalement l'indexation pour remplir un …

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Les systèmes linéaires symétriques diagonaux et fixes peuvent-ils être résolus en temps quadratique après le précalcul?

Existe-t-il une méthode pour résoudre systèmes linéaires de la forme où est une matrice SPD fixe et sont des matrices diagonales positives?k ( D i + A ) x i = b i A D iO ( n3+ n2k )O(n3+n2k)O(n^3+n^2 k)kkk( Dje+ A ) xje= bje(réje+UNE)Xje=bje(D_i + A) x_i = …

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Meilleures pratiques d'allocation / initialisation de mémoire multicœur portable / NUMA

Lorsque des calculs limités en bande passante mémoire sont effectués dans des environnements de mémoire partagée (par exemple, filetés via OpenMP, Pthreads ou TBB), il existe un dilemme sur la façon de garantir que la mémoire est correctement répartie sur la mémoire physique , de sorte que chaque thread accède …

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Dans quelle mesure les génériques et la méta-programmation utilisant des modèles C ++ sont-ils utiles en science informatique?

Le langage C ++ fournit une programmation générique et une métaprogrammation via des modèles. Ces techniques ont trouvé leur chemin dans de nombreux progiciels de calcul scientifique à grande échelle (par exemple, MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ). Mais qu'est-ce qu'ils ont réellement contribué au calcul scientifique en …

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Implémentation open source de l'approximation rationnelle d'une fonction

Je recherche une implémentation open source (n'importe laquelle de Python, C, C ++, Fortran est très bien) d'approximation rationnelle d'une fonction. Quelque chose le long de l'article [1]. Je lui donne une fonction et ça me rend deux polynômes, dont le rapport est l'approximation sur l'intervalle donné et l'erreur oscille …

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Comparaison des méthodes d'itération: nombre d'itérations en fonction du temps processeur

Je compare deux méthodes itératives pour inverser des matrices carrées aléatoires. Étant donné que les matrices sont aléatoires, chaque cas de test prend à la fois différentes quantités d'itérations et différents temps écoulés. Ma question est, en plus du temps CPU moyen, est la valeur moyenne des itérations prises par …

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