J'ai fait cette chose très récemment.
J'ai compilé openssl-1.0.something à partir de la source sur un système Linux Slackware 11.0. Je voulais corriger la connexion par mot de passe pour faire une pause de 7 secondes sur une connexion échouée, afin de cibler ces devineurs de mots de passe chinois ssh ennuyeux.
J'ai compilé Apache httpd 2.2.17 sur le même système Slackware 11.0 car il était livré avec Apache 2.0.something, et je voulais utiliser un httpd.conf 2.2.x d'un autre système.
À bien y penser, j'ai également compilé Alpine 2.0 (client de messagerie, suivi de pin) pour le même système. Pourquoi Slackware 11.0? Il fonctionne sur une machine vers 2003 avec des graphiques Intel "Brookdale", et tout Slackware ultérieur ne prend tout simplement pas en charge les graphiques Intel mal documentés.
Sur une autre machine, j'ai retiré le support de puce sans fil TI ACX111 de github et compilé un nouveau pilote, me permettant d'utiliser une carte sans fil à 9 $.
Je recompile aussi habituellement les noyaux Linux pour les rendre spécifiques à la machine sur laquelle ils tournent.
Donc, dans mon cas, ce sont diverses raisons de personnalisation, de prise en charge matérielle et de "juste parce que".
Compte tenu de ce que nous savons de l'épidémiologie dans une population uniforme (http://www.usenix.org/publications/login/2005-12/openpdfs/geer.pdf), pourquoi tout le monde ne compile-t-il pas à partir de la source sur son propre système, quel que soit les options de compilation qu'ils choisissent? Cela créerait une population beaucoup plus résistante aux virus et aux vers.