Il y a beaucoup de documentation et de discussion à ce sujet sur le net.
La réponse courte est qu’il existe de profondes différences idéologiques entre le projet GNU et les projets du noyau Linux, ce qui entrave la possibilité d’une unification.
La FSF, l'organisation à l'origine du projet GNU, met l'accent sur la pureté idéologique de l'idée de logiciel libre. Cela découle en grande partie des vues du fondateur de la FSF / GNU, Richard Stallman. En outre, comme l'a mentionné Goldilocks, la FSF est désormais principalement une organisation de défense des droits politiques. Pendant longtemps, la FSF n'a pas investi de ressources importantes dans le projet GNU, bien qu'elle fournisse une infrastructure de support.
Le projet du noyau Linux a une position beaucoup plus pragmatique sur la liberté du logiciel, encore une fois dans une large mesure grâce à son fondateur, Linus Torvalds. Le projet de noyau Linux est avant tout un projet de logiciel libre, composé de développeurs de logiciels spécialisés dans le développement de noyau / système d’exploitation, et nullement d’une organisation de défense des droits politiques.
Comme exemples concrets de la mise en pratique de ces idéologies, considérons
1) Stallman considère comme inacceptable le fait que le projet Debian "publie" des logiciels non libres en maintenant la partie non libre de ses archives logicielles. C’est ironique, car le projet Debian est axé sur la liberté du logiciel, ce qui est assez similaire à la FSF, même s’il n’est pas aussi rigide sur le plan idéologique.
2) Que le noyau Linux autorise l'utilisation de modules de noyau binaires (non libres) avec le noyau. Bien que les développeurs du noyau ne soient pas enthousiastes à ce sujet, ils le tolèrent, mais il est difficile d’imaginer que la FSF le fasse.
Il convient également de noter que la tentative de Stallman de nommer GNU / Linux les systèmes d'exploitation basés sur le noyau Linux n'a probablement pas amélioré les relations entre la FSF et la communauté du noyau Linux, bien que je ne dispose d'aucune donnée spécifique à ce sujet.
Au-delà de tout autre élément, comme le mentionne Goldilocks, la FSF a diverses règles auxquelles un projet GNU doit se conformer. Cela inclut la cession de tous les codes par le droit d'auteur à la FSF. Cela constituerait à lui seul un facteur décisif, car Linus Torvalds n'a jamais exigé une telle cession de droits d'auteur. Par conséquent, si le noyau Linux devait faire partie du projet GNU, toutes les contributions importantes au noyau Linux devraient avoir leurs droits d'auteur attribués à la FSF. Compte tenu de l'âge et de la taille du projet, ainsi que du nombre de contributeurs, cela est fondamentalement impossible. Des projets beaucoup plus petits et plus jeunes (par exemple, Mercurial) ont trouvé que la redéfinition des licences logicielles était une tâche ardue.
Veuillez noter que cette réponse n’est en aucun cas une critique des développeurs de la FSF ou du noyau Linux. Les deux côtés ont leurs propres points de vue valables. Cependant, la réalité de la situation est que ces points de vue sont dans une certaine mesure incompatibles.