Utiliser Atlas depuis scipy

J'ai installé Ubuntu 12.04 64 bits. J'ai besoin de travailler avec python et scipy, je les ai installés et quand je lance le test:

python -c "import scipy; scipy.test()"

Je reçois le message:

ImportError: libatlas.so.3gf: impossible d'ouvrir le fichier d'objet partagé: aucun fichier ou répertoire de ce type

Cependant, j'ai des bibliothèques libatlas installées sous le répertoire /usr/lib/atlas-base. Je sais que je peux copier les fichiers directement sous /usr/lib, mais je me demande comment je pourrais configurer le scipy pour utiliser les bibliothèques usr/lib/atlas-base?

ubuntu python libraries

— lmsasu
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Veuillez ne pas croiser le message.

— Karlson

Ok, supprimé maintenant.

— lmsasu

Réponses:

Vous n'avez rien à copier n'importe où.

Vous devez ajouter les bibliothèques d'atlas à la liste des emplacements ldrecherchés.

Dans le répertoire, /etc/ld.so.conf.dvous pouvez ajouter le fichier atlas-lib.conf. Ce fichier doit contenir le répertoire de libatlas.so.3gf, qui est /usr/lib/atlas-base.

Vous pouvez le faire en exécutant

echo "/usr/lib/atlas-base" | sudo tee /etc/ld.so.conf.d/atlas-lib.conf

Enfin, exécutez

sudo ldconfig

à mettre à jour ldpour qu'il connaisse ce nouveau fichier.

Vous pouvez également définir LD_LIBRARY_PATHpour inclure le chemin d'accès à la bibliothèque lorsque vous exécutez et il devrait être disponible dans SciPy.

— Karlson
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Je ne sais pas si l'atlas-lib.conf a été utile, mais le LD_LIBRARY_PATH a fait l'affaire.

— lmsasu

@lmsasu Lorsque vous créez ce fichier, vous devrez l'exécuter sudo ldconfigpour le rendre actif

— Karlson

Si vous ne disposez pas d'un accès root, quelle serait la meilleure approche? Si vous le faisiez avec virtualenv, comment feriez-vous dans ce cas?

— Albert

@Albert Using virtualenvest un sujet complètement séparé mais sans accès root, vous pouvez définir LD_LIBRARY_PATHde manière appropriée, ce qui est mentionné dans la réponse.

— Karlson

Ce genre de chose devrait être géré par les paquets numpy / scipy ou libatlas-dev, non? J'ai une situation intéressante où le système numpy 1.9.1 fonctionne bien, mais numpy 1.9.2 dans un virtualenv présente ce problème. Quoi qu'il en soit, votre solution l'a corrigé. THX.

— drevicko

Pour moi, en utilisant un virtualenv, export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/atlas-base/:${LD_LIBRARY_PATH}à la fin de mon .bashrcfichier, je l'ai corrigé.

— Sealander
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